+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vtm | ||||||
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Title | Human Cathepsin-G Inhibited by S. aureus EapH1 | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Protease / Complex / Neutrophil / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / negative regulation of T cell activation / caspase binding / Suppression of apoptosis / neutrophil activation / protein metabolic process / positive regulation of platelet aggregation ...cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / negative regulation of T cell activation / caspase binding / Suppression of apoptosis / neutrophil activation / protein metabolic process / positive regulation of platelet aggregation / Interleukin-1 processing / Antimicrobial peptides / Activation of Matrix Metalloproteinases / monocyte chemotaxis / angiotensin maturation / extracellular matrix disassembly / defense response to fungus / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / serine-type peptidase activity / Degradation of the extracellular matrix / secretory granule / protein processing / platelet activation / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic stress granule / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of immune response / azurophil granule lumen / heparin binding / peptidase activity / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / lysosome / receptor ligand activity / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / protein phosphorylation / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Herdendorf, T.J. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Crystal Structure of Human Cathepsin-G Inhibited by S. aureus EapH1 Authors: Herdendorf, T.J. / Rooijakkers, S.H.M. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vtm.cif.gz | 517.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vtm.ent.gz | 429.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vtm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1au8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25484.211 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P08311, cathepsin G #2: Protein | Mass: 11107.616 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 43-141 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (bacteria) Strain: Mu50 / ATCC 700699 / Gene: SAV2205 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0H3K0M1 #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97243 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97243 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 153604 / % possible obs: 90.5 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.857 / % possible all: 89.6 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1AU8 Resolution: 1.6→34.35 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / Phase error: 21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→34.35 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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