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- PDB-6vsr: Crystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vsr
タイトルCrystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20F
要素
  • RM20F Fab Heavy Chain
  • RM20F Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / antibody (抗体) / non-human primates (霊長目)
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.176 Å
データ登録者Oyen, D. / Yuan, M. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Mapping the immunogenic landscape of near-native HIV-1 envelope trimers in non-human primates.
著者: Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj ...著者: Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj Patel / Justin Gross / Leigh M Sewall / Jeffrey Copps / Gabriel Ozorowski / Bartek Nogal / Devin Sok / Eva G Rakasz / Celia Labranche / Vladimir Vigdorovich / Scott Christley / Diane G Carnathan / D Noah Sather / David Montefiori / Guido Silvestri / Dennis R Burton / John P Moore / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
要旨: The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown ...The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown promise as vaccine candidates as they can induce potent autologous neutralizing responses in rabbits and non-human primates. In this study, monoclonal antibodies were isolated and characterized from rhesus macaques immunized with the BG505 SOSIP.664 trimer to better understand vaccine-induced antibody responses. Our studies reveal a diverse landscape of antibodies recognizing immunodominant strain-specific epitopes and non-neutralizing neo-epitopes. Additionally, we isolated a subset of mAbs against an epitope cluster at the gp120-gp41 interface that recognize the highly conserved fusion peptide and the glycan at position 88 and have characteristics akin to several human-derived broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RM20F Fab Heavy Chain
B: RM20F Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7656
ポリマ－47,3812
非ポリマー3844
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.459, 75.646, 115.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 RM20F Fab Heavy Chain


分子量: 24138.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RM20F Fab Light Chain


分子量: 23242.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: The RM20F Fab was crystallized from a solution containing 10 mg/mL protein in 1X TBS with a well solution containing 0.1M MES, pH 5.0 and 2M ammonium sulfate. The crystals were cryoprotected ...詳細: The RM20F Fab was crystallized from a solution containing 10 mg/mL protein in 1X TBS with a well solution containing 0.1M MES, pH 5.0 and 2M ammonium sulfate. The crystals were cryoprotected by soaking in a well solution supplemented with 30% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.176→36.73 Å / Num. obs: 28053 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 1364 / CC1/2: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CSZ

5csz


解像度: 2.176→36.721 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1374 4.91 %
Rwork0.1972 --
obs0.1992 27996 97.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.9 Å2 / Biso mean: 28.0592 Å2 / Biso min: 9.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.176→36.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 20 288 3591
Biso mean--37.48 31.98 -
残基数----437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5514702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3462046
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1762-2.2540.26721070.2444225883
2.254-2.34420.27491390.2364267399
2.3442-2.45090.26611440.2382263898
2.4509-2.58010.30031460.23622675100
2.5801-2.74170.28571360.22072712100
2.7417-2.95330.2431330.20972722100
2.9533-3.25030.22831310.198270999
3.2503-3.72020.2591590.174266698
3.7202-4.68560.18291390.1482275999
4.6856-36.7210.22431400.1976281096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5993-3.2971.73023.9349-1.29592.2552-0.01820.0516-0.3221-0.03720.06220.39560.0667-0.31980.00370.1493-0.0350.00690.206-0.02180.1635-12.97-9.8689-28.2543
22.0757-1.4556-0.36543.5998-0.96433.6076-0.02290.0499-0.058-0.00120.03020.00090.1306-0.01670.01590.1037-0.03520.00620.1177-0.01550.1217-6.329-3.485-27.8439
35.9809-0.4094-2.76951.20720.18693.0698-0.1273-0.1903-0.07280.00230.0608-0.00720.24210.09040.06670.1253-0.0053-0.01120.1040.00860.1469-14.1504-23.7925-3.3247
47.1876-0.3304-7.55630.30480.42518.2127-0.39090.3192-0.5737-0.0088-0.03150.01990.5352-0.14920.39420.1689-0.0210.00710.2318-0.01360.2144-21.3851-28.0572-7.7786
57.06132.5923-5.99872.1281-3.84427.40560.2013-0.1561-0.1110.4081-0.3462-0.2397-0.47650.09850.16350.3208-0.102-0.01230.3102-0.03580.182-4.438.7631-4.5075
61.95550.1616-1.10963.2262-0.15724.48540.1312-0.140.0720.1040.06020.1855-0.2507-0.0419-0.16930.1709-0.00940.01550.1143-0.00130.1373-9.66688.6673-13.1891
71.38592.6098-2.96095.0267-5.8366.91850.128-0.3032-0.0041-0.0389-0.34730.10880.09680.61270.1890.2311-0.06190.00350.2025-0.02630.1363-11.4968-2.06097.0583
81.8963-1.8799-0.81234.76382.11312.1785-0.2714-0.2199-0.20720.33160.28920.03720.2850.213-0.00220.21470.03310.05580.20230.04690.1575-10.0615-24.51568.0176
91.2881-1.0368-0.1594.34570.28282.0153-0.1573-0.2867-0.31750.51330.21520.09780.31620.067-0.04910.19480.04710.0160.28640.05990.2051-7.9584-24.237610.6868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 124 )A34 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 201 )A125 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 202 through 227 )A202 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 25 )B1 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 101 )B26 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 102 through 113 )B102 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 114 through 150 )B114 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 151 through 213 )B151 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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