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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vqa | ||||||
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タイトル | Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement) | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain. 著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 809.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 655.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21346MC ![]() 6vq6C ![]() 6vq7C ![]() 6vq8C ![]() 6vq9C ![]() 6vqbC ![]() 6vqcC ![]() 6vqgC ![]() 6vqhC ![]() 6vqiC ![]() 6vqjC ![]() 6vqkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-ATPase H+-transporting V1 subunit ... , 2種, 4分子 ABCH
#1: タンパク質 | 分子量: 68341.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-V-type proton ATPase subunit ... , 3種, 9分子 DEFIJKMNO
#2: タンパク質 | 分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13690.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 3分子 QRS
#6: タンパク質 | 分子量: 34693.605 Da / 分子数: 3 / Fragment: N-terminal fragment with 3x FLAG tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-ADP / ![]() |
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#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Soluble region of rat brain V-ATPase composed of subunits A, B2, D, E1, G2, and the Legionella pneumophila effector protein SidK タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性![]() |
3次元再構成![]() | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74789 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |