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- PDB-6vnh: JAK2 JH1 in complex with PN2-123 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vnh
タイトルJAK2 JH1 in complex with PN2-123
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / janus associated kinase / JAK2 / kinase domain (キナーゼ) / JH1 / kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / intracellular mineralocorticoid receptor signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / Signaling by Erythropoietin ...interleukin-35-mediated signaling pathway / intracellular mineralocorticoid receptor signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / post-embryonic hemopoiesis / collagen-activated signaling pathway / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / interleukin-5-mediated signaling pathway / response to interleukin-12 / positive regulation of leukocyte proliferation / interleukin-12 receptor complex / activation of Janus kinase activity / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of platelet aggregation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-23 signaling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / interleukin-3-mediated signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / acetylcholine receptor binding / cellular response to interleukin-3 / Signaling by Leptin / Interleukin-12 signaling / positive regulation of signaling receptor activity / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of cell-substrate adhesion / response to hydroperoxide / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / axon regeneration / growth hormone receptor signaling pathway / peptide hormone receptor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IFNG signaling activates MAPKs / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin-6 signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of cell-cell adhesion / Prolactin receptor signaling / positive regulation of interleukin-17 production / negative regulation of DNA binding / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / MAPK1 (ERK2) activation / mesoderm development / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to tumor necrosis factor / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Erythropoietin activates RAS / Growth hormone receptor signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / actin filament polymerization / SH2 domain binding / cellular response to dexamethasone stimulus / post-translational protein modification / 赤血球形成 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / カベオラ / endosome lumen / positive regulation of cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XZS / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
Model detailsCo-crystal structure of JAK2 JH1 and ruxolitinib complex
データ登録者Davis, R.R. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Leukemia & Lymphoma Society8012-18 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into JAK2 Inhibition by Ruxolitinib, Fedratinib, and Derivatives Thereof.
著者: Davis, R.R. / Li, B. / Yun, S.Y. / Chan, A. / Nareddy, P. / Gunawan, S. / Ayaz, M. / Lawrence, H.R. / Reuther, G.W. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0364
ポリマ－72,9112
非ポリマー1,1252
水75742
1
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0182
ポリマ－36,4551
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0182
ポリマ－36,4551
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.651, 111.651, 70.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 36455.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2 / プラスミド: pcDNA 3.3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-XZS / N-{5-[(2-{[3,5-difluoro-4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]amino}-5-methylpyrimidin-4-yl)amino]-2-fluorophenyl}-2-methylpropane-2-sulfonamide


分子量: 562.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33F3N6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.8 Å / Num. obs: 66379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 52.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 3374 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XA4

2xa4


解像度: 2.4→39.47 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 2261 3.41 %
Rwork0.2299 64118 -
obs0.2312 66379 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.62 Å2 / Biso mean: 68.6403 Å2 / Biso min: 26.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 0 78 42 4960
Biso mean--71.7 56.23 -
残基数----587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.450.44111440.43293945408999
2.45-2.510.44441460.392840524198100
2.51-2.570.41291380.37894025416399
2.57-2.640.39821440.362239804124100
2.64-2.720.35111400.34314007414799
2.72-2.810.35511440.322439914135100
2.81-2.910.38211380.30683957409599
2.91-3.020.33141440.289740414185100
3.02-3.160.45411420.309140114153100
3.16-3.330.30311400.270740094149100
3.33-3.540.28941320.230240124144100
3.54-3.810.25351460.206140324178100
3.81-4.190.2511420.194440014143100
4.19-4.80.23951370.186140434180100
4.8-6.030.20141420.191839994141100
6.04-39.470.14391420.157540134155100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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