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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vnd | ||||||
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タイトル | Quaternary Complex of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with flavin mononucleotide (FMN), orotic acid and AG-636 | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrialジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DHODH / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FMN binding / Inhibitor / Mitochondria inner membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Padyana, A. / Jin, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2020 タイトル: Selective Vulnerability to Pyrimidine Starvation in Hematologic Malignancies Revealed by AG-636, a Novel Clinical-Stage Inhibitor of Dihydroorotate Dehydrogenase. 著者: McDonald, G. / Chubukov, V. / Coco, J. / Truskowski, K. / Narayanaswamy, R. / Choe, S. / Steadman, M. / Artin, E. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Ronseaux, S. / Locuson, C. / Fan, Z.P. / Erdmann, ...著者: McDonald, G. / Chubukov, V. / Coco, J. / Truskowski, K. / Narayanaswamy, R. / Choe, S. / Steadman, M. / Artin, E. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Ronseaux, S. / Locuson, C. / Fan, Z.P. / Erdmann, T. / Mann, A. / Hayes, S. / Fletcher, M. / Nellore, K. / Rao, S.S. / Subramanya, H. / Reddy, K.S. / Panigrahi, S.K. / Antony, T. / Gopinath, S. / Sui, Z. / Nagaraja, N. / Dang, L. / Lenz, G. / Hurov, J. / Biller, S.A. / Murtie, J. / Marks, K.M. / Ulanet, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vnd.cif.gz | 203.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vnd.ent.gz | 132.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vnd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/6vnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/6vnd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3zwsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39913.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q02127, ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) |
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-非ポリマー , 10種, 248分子
#2: 化合物 | ChemComp-R4P / | ||||||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-FMN / | #8: 化合物 | ChemComp-ORO / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-GOL / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 30% glycerol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 38783 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 1953 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ZWS 解像度: 1.97→28.78 Å / SU ML: 0.1744 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.1363 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→28.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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