PDB-6vm6: Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vm6

タイトル

Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain containing receptor with the cyclic trinucleotide 2'3'3'-cAAA

要素

2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
SAVED domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

nuclease (ヌクレアーゼ) / DUF4297 / SAVED /

CARF / phage immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity / defense response to virus /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

nucleotide binding /

DNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter sp. ATCC 27244 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Antine, S.P. / Cabrera, V. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: CBASS Immunity Uses CARF-Related Effectors to Sense 3'-5'- and 2'-5'-Linked Cyclic Oligonucleotide Signals and Protect Bacteria from Phage Infection.
著者: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / ...

履歴

登録	2020年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vm6.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vm6.ent.gz	910.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vm6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vm5C 6wamC 6wanC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wan-5 6wan-1 6wan-3 4hco-d 6wam-6 6wan-4 6wam-2 6wan-2 6wan-6 4b3n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAVED domain-containing protein

B: SAVED domain-containing protein

C: SAVED domain-containing protein

D: SAVED domain-containing protein

E: SAVED domain-containing protein

F: SAVED domain-containing protein

G: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

H: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

I: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

J: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

K: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

319 kDa, 11 ポリマー
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1

A: SAVED domain-containing protein

G: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: SAVED domain-containing protein

H: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: SAVED domain-containing protein

I: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
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4

D: SAVED domain-containing protein

J: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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5

E: SAVED domain-containing protein

K: 2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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6

F: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.577, 111.457, 164.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.207, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	SAVED domain-containing protein / Cap4 分子量: 52209.676 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter sp. ATCC 27244 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0023_0548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0VHC9
#2: RNA鎖	2'-5'-Linked Cyclic RNA (5'-R(PAPAPA)-3') 分子量: 942.660 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG-3350, 200 mM lithium sulfate, 100 mM imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.21 Å / Num. obs: 217277 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.38 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 10452 / CC_1/2: 0.55 / R_pim(I) all: 0.811

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.21 Å / SU ML: 0.2286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	2000	0.92 %
R_work	0.1854	214812	-
obs	0.1857	216812	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21078	0	370	1490	22938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	21932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.764	29729
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0477	3292
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	3751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3552	7904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.312	139	0.2652	14892	X-RAY DIFFRACTION	95.7
2.15-2.21	0.283	141	0.2495	15156	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.21-2.28	0.2844	141	0.2388	15126	X-RAY DIFFRACTION	96.77
2.28-2.35	0.2517	137	0.2226	14757	X-RAY DIFFRACTION	95.1
2.35-2.43	0.2213	143	0.2058	15365	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.43-2.53	0.2446	143	0.2014	15335	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.53-2.65	0.237	143	0.1994	15380	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.65-2.78	0.2657	144	0.1983	15433	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.78-2.96	0.2562	144	0.2005	15465	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.96-3.19	0.2232	144	0.1968	15439	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.19-3.51	0.2219	142	0.1924	15388	X-RAY DIFFRACTION	98.17
3.51-4.02	0.196	146	0.1688	15554	X-RAY DIFFRACTION	99.37
4.02-5.06	0.1755	146	0.1518	15679	X-RAY DIFFRACTION	99.5
5.06-49.21	0.2089	147	0.1718	15843	X-RAY DIFFRACTION	99.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.786415376223	-0.617547870247	0.290763985633	2.08157858804	-0.0813432675056	1.67201134342	0.0530455552964	0.0932578374306	0.0959610409787	-0.071846412566	-0.0244535761319	-0.187954724144	-0.193180915026	0.0389061091617	-0.026595308008	0.237501345677	-0.0174550974923	0.0490650963341	0.337748820801	-0.0425513651672	0.294192563994	33.4709929851	-12.9236192932	22.6434167748
2	1.84746500657	0.60616987297	1.40349396068	0.708396285684	0.422362837928	1.91419710861	0.0671082151465	0.346458751454	-0.253847541013	-0.145486933225	0.0311885607692	-0.303629447469	0.174809775892	0.431152744046	-0.0671555949913	0.263663844716	0.0473769178561	0.0498238440019	0.365726485437	-0.0273982420144	0.423443437674	52.8543447861	-26.875488492	35.875807616
3	3.19517487187	-0.89768466742	0.0103750803543	4.62375823381	0.205308725146	3.20833623839	-0.0644837293805	-0.43212251599	-0.121178098255	0.750153475553	-0.0142601279778	-0.517793809202	0.20863660166	0.289614266753	0.0998710491153	0.292182713224	-0.0233938231908	-0.0938220110919	0.442075288539	0.0950513805813	0.452781923829	64.8684078341	-21.7042074662	63.2382831481
4	1.87466938186	-0.522854416337	-0.170305048901	0.625316979842	-0.0864102119586	2.26985765275	0.0714796375285	0.186614492894	0.0522175028359	-0.0701281988242	0.0105704725769	-0.110096060763	-0.114132050356	0.186864670796	-0.0715047846941	0.242498072795	-0.0252141570283	-0.0150164109613	0.222965195494	-0.0446967408769	0.335818529426	31.326385473	-1.22379514155	52.5777670923
5	1.66669972238	-0.0667622309797	-1.3796561378	1.10057614752	0.679283988847	6.59323022516	0.158414027235	-0.158245465897	0.147392762721	0.113151009665	0.0683462720148	-0.269263677312	-0.279611781198	0.584865119537	-0.25361623881	0.284076019792	-0.0429021705278	-0.0502671390671	0.199690836945	-0.0300558565963	0.436730402634	33.3976076563	3.83875924162	59.7737190477
6	1.86930616725	-1.43976209884	1.14345916977	1.78463347743	-1.20559407988	2.07211375899	-0.174721508008	-0.224853362699	0.205582984373	0.395126065007	0.120626610743	-0.0741564991241	-0.523480663495	-0.192705631723	0.0445158030345	0.361918510363	-0.00153017852082	0.0186456496949	0.270987024035	-0.0481851300151	0.33139927587	9.42073582231	11.1457028004	65.6623469161
7	2.18846339244	-0.550710387758	-0.845409795086	2.93038061931	0.0412806423731	2.34197543365	-0.128363129397	-0.173489037794	0.134940390675	0.425896649447	0.348847525713	0.578820124714	-0.788725992945	-1.32094232347	-0.148767585291	0.598025896251	0.358446231781	0.123036225735	0.737763014715	0.0400671170668	0.483897522351	-13.0875473618	24.6290210874	58.0936512151
8	1.57604777082	0.214521353488	0.576830205468	1.49703525775	0.748286326697	2.35978535041	-0.0237942827154	-0.0153132581468	0.0131273859725	-0.0436914991131	0.067765725793	-0.0528135565182	-0.032068986858	0.0409380444965	-0.041931493037	0.236789838751	0.0422034396204	0.0167995222643	0.189979396667	0.0342081514532	0.17553536721	5.59963069254	2.95567819743	30.3113535814
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10	2.68659860728	-1.22814351115	-1.11237231573	1.12839025172	0.542714689508	2.16409944518	0.227625876558	0.594048747758	0.00841885855174	-0.411087846752	-0.170982217249	0.0564396501937	-0.0625314687569	-0.266980392719	-0.0597887622923	0.411871595509	-0.00534304195988	-0.0319886790776	0.313916154378	0.0138502019037	0.218335903778	2.56828448631	-8.06969627502	5.33390212185
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精密化 TLSグループ

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2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 167 through 342 )
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6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 190 through 342 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 343 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 13 through 133 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 134 through 189 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 190 through 342 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 343 through 462 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 13 through 147 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 148 through 189 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 190 through 342 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 343 through 462 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 13 through 91 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 92 through 166 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 167 through 189 )
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20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 235 through 318 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 319 through 415 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 416 through 462 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 13 through 133 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 134 through 189 )
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 319 through 415 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 416 through 462 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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