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- PDB-6vlh: HIV Integrase Core domain (IN) in complex with dimer-spanning ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlh
タイトルHIV Integrase Core domain (IN) in complex with dimer-spanning ligand
要素Integraseインテグラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Virus (ウイルス) / Inhibitor / Complex / HIV Integrase (インテグラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-R2A / インテグラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.036 Å
データ登録者Gorman, M.A. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV Integrase core domain (IN) in complex with dimeric spanning inhibitor
著者: Scanlon, M. / Gorman, M.A.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,13218
ポリマ－35,7452
非ポリマー2,38816
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.306, 46.306, 139.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Integrase / インテグラーゼ


分子量: 17872.305 Da / 分子数: 2 / 断片: core domain (UNP residues 50-211) / 変異: Q53E,C56S,G124S,A125T,W131E,V151I,F185K,Q209E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR39, 逆転写酵素
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-R2A / (2-{[3-(4-{2-[(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzene-1-carbonyl)amino]ethyl}piperazine-1-carbonyl)phenyl]ethynyl}-5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid


分子量: 761.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H39N3O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.036→46.38 Å / Num. obs: 18621 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.036→2.09 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 1287 / Rpim(I) all: 0.172 / Rrim(I) all: 0.472 / Χ2: 1.2 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998-000)精密化
XDSデータ削減
PHENIXデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.036→46.306 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 8.54 / 位相誤差: 37.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2981 3644 9.96 %
Rwork0.2095 --
obs0.2226 18621 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.036→46.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 108 54 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5333030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9111278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0387-2.07380.30731670.31281561X-RAY DIFFRACTION86
2.0738-2.11150.38381800.31411735X-RAY DIFFRACTION91
2.1115-2.15210.40091760.30871604X-RAY DIFFRACTION90
2.1521-2.19610.36511960.32321709X-RAY DIFFRACTION90
2.1961-2.24380.6431720.4581519X-RAY DIFFRACTION87
2.2438-2.2960.61721710.47991628X-RAY DIFFRACTION86
2.296-2.35340.47431860.29851654X-RAY DIFFRACTION90
2.3534-2.4170.32971940.28621666X-RAY DIFFRACTION90
2.417-2.48810.30821700.27231639X-RAY DIFFRACTION91
2.4881-2.56840.35531860.26961693X-RAY DIFFRACTION90
2.5684-2.66020.3251860.271639X-RAY DIFFRACTION90
2.6602-2.76670.29521790.26011655X-RAY DIFFRACTION90
2.7667-2.89260.3081860.22571702X-RAY DIFFRACTION90
2.8926-3.0450.22511820.20211639X-RAY DIFFRACTION90
3.045-3.23570.35851880.19871649X-RAY DIFFRACTION90
3.2357-3.48540.21721810.1831661X-RAY DIFFRACTION90
3.4854-3.83590.27641910.1471662X-RAY DIFFRACTION89
3.8359-4.39020.19821770.12981635X-RAY DIFFRACTION90
4.3902-5.52860.22871910.12881648X-RAY DIFFRACTION90
5.5286-38.55540.2821710.19771624X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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