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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vkx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the carbohydrate-binding domain VP8* of human P[8] rotavirus strain BM13851 | ||||||
要素 | Outer capsid protein VP4 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Rotavirus (ロタウイルス) / host receptor interaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / カプシド / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human rotavirus A (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, S. / McGinnis, K.R. / Jiang, X. / Kennedy, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Structural basis of P[II] rotavirus evolution and host ranges under selection of histo-blood group antigens. 著者: Xu, S. / McGinnis, K.R. / Liu, Y. / Huang, P. / Tan, M. / Stuckert, M.R. / Burnside, R.E. / Jacob, E.G. / Ni, S. / Jiang, X. / Kennedy, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vkx.cif.gz | 109.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vkx.ent.gz | 83.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vkx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18402.191 Da / 分子数: 3 / 断片: VP8* domain, residues 17-176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 遺伝子: VP8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4VSS2, UniProt: A0A1Z1XCF6*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→56 Å / Num. obs: 48913 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 159999 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NIW 解像度: 1.71→32.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.687 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.36 Å2 / Biso mean: 21.764 Å2 / Biso min: 11.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.71→32.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.71→1.754 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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