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- PDB-6vj6: 2.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidylprolyl Isom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vj6
タイトル2.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase (PrsA) from Bacillus cereus
要素Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PrsA / foldase
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / フォールディング / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Foldase protein PrsA / PPIC-type PPIASE domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15-pentaoxaoctadecan-17-amine / Foldase protein PrsA 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (セレウス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.553 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase (PrsA) from Bacillus cereus
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
B: Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7576
ポリマ-60,0142
非ポリマー7434
2,828157
1
A: Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
ヘテロ分子

A: Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9418
ポリマ-60,0142
非ポリマー9276
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area31850 Å2
手法PISA
2
B: Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
ヘテロ分子

B: Peptidylprolyl isomerase (PrsA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5734
ポリマ-60,0142
非ポリマー5592
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.425, 70.358, 79.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.749, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase (PrsA) / Foldase protein PrsA 4


分子量: 30007.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (セレウス菌)
: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: prsA4, BC_2862 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3)magic / 参照: UniProt: Q81CB1, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-2NV / 3,6,9,12,15-pentaoxaoctadecan-17-amine / Jeffamine ED-2001


分子量: 279.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C13H29NO5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 8.3 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Reservior (Screen JCSG+, G1): 0.1M HEPES pH 7.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 27237 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 56.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 1.108 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1368 / CC1/2: 0.831 / CC star: 0.953 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 0.883 / Rsym value: 0.787 / Χ2: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.553→29.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 25.586 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 1382 5.075 %
Rwork0.2174 --
all0.219 --
obs-27229 99.645 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 77.617 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.799 Å20 Å2-1.495 Å2
2---7.05 Å20 Å2
3---12.917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.553→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4180 0 50 157 4387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.6665717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3841.6189674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.8285516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.59826.744215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.76315884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.272156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.024632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0540.02718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.23498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.22018
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0920.21573
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1510.234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2040.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1635.3922067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1635.392066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3228.092582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3218.0922583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7615.9952225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.765.9962226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5838.753135
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5828.7523136
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.75164.2544660
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.74864.0894642
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1230.057566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.553-2.6190.435870.37618550.37919730.6190.61698.42880.36
2.619-2.690.369940.34818620.34919580.6580.67599.89790.332
2.69-2.7680.353820.32817970.32918790.660.711000.307
2.768-2.8520.353660.29317770.29518430.7710.8181000.276
2.852-2.9450.281970.28116810.28117800.8580.87199.88760.266
2.945-3.0470.277960.26516330.26617300.8170.88299.94220.252
3.047-3.1610.303830.24315730.24616570.8720.90999.93970.236
3.161-3.2880.309860.24415090.24715950.8630.9131000.237
3.288-3.4330.298890.24314700.24615590.8920.921000.241
3.433-3.5980.273750.20713820.2114580.9140.93899.93140.209
3.598-3.7890.203810.19113520.19214330.9460.9451000.195
3.789-4.0150.245690.17112360.17413060.9210.95599.92340.179
4.015-4.2870.214580.1711920.17212500.9380.9491000.184
4.287-4.6220.22620.17211240.17511860.9520.9581000.192
4.622-5.0510.231640.20710220.20810860.940.9481000.243
5.051-5.6270.265530.2489310.2499850.9250.91299.89850.283
5.627-6.4590.27280.2288510.2298810.9070.92999.7730.254
6.459-7.8190.214460.1776960.1797450.9410.95199.59730.217
7.819-10.6940.179420.1625540.1636010.9610.96799.16810.181
10.694-29.730.154240.2013500.1983840.9730.96797.39580.229
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.50921.6192-1.80961.0345-0.45860.4928-0.06680.1423-0.3215-0.04950.0308-0.07520.0004-0.0270.03610.3128-0.00910.01610.34340.01230.05050.246117.690539.7055
20.14930.15180.22430.5578-1.11375.0835-0.1010.05090.12410.00140.10720.1898-0.44650.1489-0.00620.3306-0.0367-0.00230.28540.00730.288114.751531.830558.2535
35.75234.2417-3.17783.2647-2.07452.4053-0.1556-0.2591-0.04070.0074-0.17920.09180.2443-0.04040.33480.462-0.0246-0.00080.5009-0.04520.165521.939134.47342.6865
43.6307-1.56090.59085.9103-0.64650.1290.2374-0.0072-0.381-0.1826-0.1977-0.07570.0321-0.0107-0.03970.27040.022-0.01410.2460.00760.052525.564570.14328.7848
57.51855.79690.61117.04080.7590.098-0.27980.02050.6113-0.44070.20180.6054-0.01650.09210.07790.39640.0199-0.01620.34790.06270.06527.395342.259936.8353
64.3078-1.9505-0.90771.81281.77784.77440.08581.04460.2914-0.4016-0.0858-0.1161-0.0313-0.3884-0.00010.5358-0.10910.02390.69710.08440.02188.25320.697425.4652
74.7803-0.6351.09220.99910.01150.50120.07810.03590.09420.0412-0.1079-0.04110.02470.03420.02980.40050.01990.03570.38470.06480.01546.20323.7236-3.9536
82.4341.135-1.41184.3923-2.48491.7784-0.05230.1773-0.0461-0.12530.2890.19220.1051-0.2589-0.23670.3442-0.024-0.04870.4040.01030.3467.65338.7337-18.2622
92.9195-1.4220.85722.3614-0.75081.8456-0.22650.1861-0.0138-0.0859-0.0197-0.3703-0.248-0.34930.24630.44190.01230.00830.45980.00870.119523.7199.1702-1.8937
105.3232.21320.11197.2137-0.1760.11020.1576-0.0540.12020.3789-0.1589-0.56120.0224-0.15450.00120.2431-0.0258-0.0290.26010.04290.073326.4169-25.334110.9594
115.1603-4.5216-0.30714.1858-0.05430.5131-0.1028-0.0968-0.34420.18290.1180.2812-0.0971-0.0484-0.01520.1793-0.04080.00610.17470.02860.250428.99562.27663.7756
123.5635-2.0420.3342.6350.47540.7778-0.1746-0.27330.00190.32890.10130.1485-0.0814-0.11540.07330.3134-0.00850.02260.30920.03660.15499.502824.711814.1241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA23 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA69 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3ALLA96 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4ALLA134 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5ALLA224 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6ALLA262 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7ALLB23 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8ALLB83 - 98
9X-RAY DIFFRACTION9ALLB99 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10ALLB134 - 222
11X-RAY DIFFRACTION11ALLB223 - 262
12X-RAY DIFFRACTION12ALLB263 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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