+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ve4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pentadecameric PilQ from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Fimbrial assembly protein PilQ | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type IV pilus (性繊毛) / T4P / PilQ / secretin (セクレチン) / type IVa pilus / T4aP / pilus (性繊毛) / outer membrane / periplasm (ペリプラズム) / bacterial secretion system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||
データ登録者 | McCallum, M. / Tammam, S. / Rubinstein, J.L. / Burrows, L.L. / Howell, P.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: CryoEM map of Pseudomonas aeruginosa PilQ enables structural characterization of TsaP. 著者: Matthew McCallum / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell / 要旨: The type IV pilus machinery is a multi-protein complex that polymerizes and depolymerizes a pilus fiber used for attachment, twitching motility, phage adsorption, natural competence, protein ...The type IV pilus machinery is a multi-protein complex that polymerizes and depolymerizes a pilus fiber used for attachment, twitching motility, phage adsorption, natural competence, protein secretion, and surface-sensing. An outer membrane secretin pore is required for passage of the pilus fiber out of the cell. Herein, the structure of the tetradecameric secretin, PilQ, from the Pseudomonas aeruginosa type IVa pilus system was determined to 4.3 Å and 4.4 Å resolution in the presence and absence of C symmetric spikes, respectively. The heptameric spikes were found to be two tandem C-terminal domains of TsaP. TsaP forms a belt around PilQ and while it is not essential for twitching motility, overexpression of TsaP triggers a signal cascade upstream of PilY1 leading to cyclic di-GMP up-regulation. These results resolve the identity of the spikes identified with Proteobacterial PilQ homologs and may reveal a new component of the surface-sensing cyclic di-GMP signal cascade. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ve4.cif.gz | 679.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ve4.ent.gz | 459.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ve4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79731.141 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pilQ, PA5040 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株 (発現宿主): ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 参照: UniProt: P34750 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentadecameric PilQ from Pseudomonas aeruginosa / タイプ: COMPLEX / 詳細: Affinity purified PilQ without TsaP / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 |
由来(組換発現) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 35.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C15 (15回回転対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8725 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 670.8 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |