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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vcv | |||||||||
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タイトル | Aspergillus fumigatus FKBP12 protein bound with APX879 in P1 space group | |||||||||
![]() | FK506-binding protein 1A | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gobeil, S. / Spicer, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Leveraging Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Structures, Biophysical Data, and Dynamics To Design Selective and Nonimmunosuppressive FK506 Analogs. 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. #1: ![]() タイトル: Designing Selective and Non-Immunosuppressive Antifungal FK506 Analogs: Structures, Biophysics and Dynamics of Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Complexes 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12425.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: fpr1A, AFUA_6G12170 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 5mM MES, 200mM zinc acetate, 15% reagent alcohol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27429 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 11.54 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 33.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 17.2 / Num. unique obs: 1337 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.178 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5HWB 解像度: 1.6→27.12 Å / SU ML: 0.1453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 21.1618 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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