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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vcu | |||||||||
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タイトル | Homo sapiens FKBP12 protein bound with APX879 in P32 space group | |||||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A | |||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / FK506-binding protein 1A / FKBP12 / FK506 (タクロリムス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna ...macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / FK506 binding / mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / regulation of immune response / protein peptidyl-prolyl isomerization / supramolecular fiber organization / heart morphogenesis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / T細胞 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / 筋小胞体 / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of protein localization / フォールディング / positive regulation of protein binding / protein refolding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / amyloid fibril formation / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | |||||||||
データ登録者 | Gobeil, S. / Spicer, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: Leveraging Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Structures, Biophysical Data, and Dynamics To Design Selective and Nonimmunosuppressive FK506 Analogs. 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Designing Selective and Non-Immunosuppressive Antifungal FK506 Analogs: Structures, Biophysics and Dynamics of Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Complexes 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vcu.cif.gz | 152.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vcu.ent.gz | 98.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vcu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vcu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6vctC 6vcvC 6vrxC 2ppnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12249.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, プロリルイソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-R27 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.5M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月21日 |
放射 | モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 45479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 12.72 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.135 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 2284 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.139 / Rrim(I) all: 0.349 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PPN 解像度: 1.69→31.26 Å / SU ML: 0.1555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 18.2937 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→31.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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