+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v8j | ||||||
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Title | Crystal structure of Ara h 8.0201 | ||||||
Components | Ara h 8 allergen isoform | ||||||
Keywords | ALLERGEN / peanut / PR-10 | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arachis hypogaea (peanut) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Offermann, L.R. / Pote, S. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Ara h 8.0201 Authors: Offermann, L.R. / Pote, S. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v8j.cif.gz | 238 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v8j.ent.gz | 193.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v8j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6v8hC 6v8lC 6v8mC 6v8sC 4mapS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 16432.467 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arachis hypogaea (peanut) / Gene: Ahy_Scaffold6g108211 / Plasmid: pET9a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B0YIU5 #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 9.5 / Details: 10 mM CHES/NaOH, 20%w/v PEG 8000, pH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2015 | |||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.95→40 Å / Num. obs: 39685 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.8 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1963 / CC1/2: 0.74 / CC star: 0.922 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.514 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 96.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MAP Resolution: 1.95→31.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.255 / SU ML: 0.104 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.033 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Discrepancy between R and Rfree factors most likely are caused by a different handling of twinning as discussed in ...Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Discrepancy between R and Rfree factors most likely are caused by a different handling of twinning as discussed in the paper. The authors have used automatic way of handling the twinning as it is implemented in Refmac. Xtriage and Refmac define a different set of twinning operators and twining fractions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.65 Å2 / Biso mean: 29.103 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→31.96 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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