PDB-6v45: Crystal structure of a Probable carnitine operon oxidoreductase c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v45

タイトル

Crystal structure of a Probable carnitine operon oxidoreductase caia from Brucella melitensis

要素

Probable carnitine operon oxidoreductase caia

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSGCID / Probable carnitine operon oxidoreductase caia /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / peptidoglycan biosynthetic process /

transferase activity /

oxidoreductase activity / Probable carnitine operon oxidoreductase caia

機能・相同性情報

生物種

Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a Probable carnitine operon oxidoreductase caia from Brucella melitensis
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v45.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v45.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5fjw-8 5fk0-6 5fk0-8 5fk0-1 5fk0-5 5fjw-1 2r5o-d 2h1r-2 5hi6-d 3bpq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrmeA.18116.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable carnitine operon oxidoreductase caia

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable carnitine operon oxidoreductase caia

ヘテロ分子

A: Probable carnitine operon oxidoreductase caia

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.060, 96.060, 96.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	195
Space group name H-M	P23
Space group name Hall	P223
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z,x #5: z,-x,-y #6: -y,z,-x #7: -z,-x,y #8: -z,x,-y #9: y,-z,-x #10: x,-y,-z #11: -x,y,-z #12: -x,-y,z

#1: タンパク質	Probable carnitine operon oxidoreductase caia 分子量: 23364.600 Da / 分子数: 1 / 断片: BrmeA.18116.b.B2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (マルタ熱菌) 株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEI0848 / プラスミド: BrmeA.18116.b.B2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8YHF3, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Optimization screen around condition Anatrace MCSG1_E6, well C4: 18.9% (w/V) PEG 3350, 200mM Potassium sulfate: BrmeA.18116.b.B2.PS01846 at 18.1mg/ml: tray 312854c4, cryo: 20% EG in 2 steps: puck xvm4-2.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月30日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 9354 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.36 % / B_iso Wilson estimate: 71.381 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 1.051 / Net I/σ(I): 27.75

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	7.511	0.639	3	700	0.862	0.687	100
2.67-2.74	7.565	0.498	3.87	648	0.902	0.535	100
2.74-2.82	7.537	0.377	5.2	655	0.942	0.405	100
2.82-2.91	7.487	0.267	7.23	612	0.978	0.287	100
2.91-3	7.523	0.205	9.56	614	0.984	0.22	100
3-3.11	7.497	0.152	12.36	579	0.99	0.163	100
3.11-3.23	7.442	0.108	17.71	573	0.995	0.116	100
3.23-3.36	7.458	0.074	24.76	555	0.997	0.08	100
3.36-3.51	7.389	0.067	27.16	512	0.998	0.072	100
3.51-3.68	7.433	0.055	32.56	517	0.999	0.059	100
3.68-3.88	7.376	0.04	40.9	489	0.999	0.043	100
3.88-4.11	7.327	0.034	47.23	453	0.999	0.037	100
4.11-4.4	7.241	0.031	52.08	432	0.999	0.034	100
4.4-4.75	7.211	0.031	53.93	402	0.999	0.033	100
4.75-5.2	7.221	0.029	56.5	367	0.999	0.031	100
5.2-5.82	7.169	0.028	55.58	349	0.999	0.03	100
5.82-6.72	7.147	0.026	57.53	306	0.999	0.028	100
6.72-8.22	6.915	0.023	59.14	259	1	0.025	100
8.22-11.63	6.709	0.019	65.13	206	0.999	0.021	99.5
11.63-50	5.619	0.022	58.96	126	0.998	0.024	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR-rosetta based on PDB entries 4LZH_A, 4A1K_A, 3ZGP_A, 6NTW_A, 5E5L_A, 1ZAT_A, 6D5A_A, 4XVO_B, 4QRB_A, 4Z7A_A

解像度: 2.6→42.96 Å / SU ML: 0.3552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.124

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2346	934	9.99 %	0
R_work	0.1986	-	-	-
obs	0.2023	9352	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1251	0	10	13	1274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	1291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7077	1757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0517	186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.0533	465

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.74	0.3494	151	0.2951	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.409	124	0.3245	1203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.3106	115	0.28	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.2612	121	0.2371	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.2864	153	0.2044	1179	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1901	129	0.1527	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-42.96	0.1794	141	0.1692	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.842505963538	-1.4813632739	-2.27174947618	4.51382708293	1.76776769309	8.7088147279	0.0161715273559	-0.313584830147	0.290253650573	-0.641344353017	0.611602661907	-0.817430894206	-0.0656614817866	0.969134952107	-0.531208533625	0.92683446989	-0.257808947362	0.0814760017568	1.87815018353	-0.639369022353	0.696620510055	15.0185451291	3.1392780202	34.5507941127
2	0.763036387861	0.10392372606	-0.029648613088	3.38339487575	0.576473865256	1.24200209695	-0.570587331655	0.182649400543	-0.0194623209409	-0.343429756433	0.640947589281	-0.138178749256	0.0480152170058	-0.746650587303	0.0448484948041	0.399128354527	-0.135605195371	-0.0154055177783	1.66805445213	-0.541980702192	0.553861478364	13.0858204582	-0.774384411333	44.2093924567
3	1.30807081566	-0.0587748631477	0.735920106953	4.39919975369	-3.88681590858	3.79160686171	-0.240300239267	-0.11114846833	-0.280480332272	1.0059698906	0.303387779958	-1.02838832234	0.15663533821	1.05288686446	-0.541164753547	0.700668424329	0.0698285009039	-0.0655960633611	1.49333417246	-0.611352770018	0.741676295408	17.6657014749	9.44966682832	59.3924653515
4	1.21225578496	-1.09961529142	-1.25913372193	2.97652404134	1.83156437326	4.07204329948	-0.0979594383416	0.345763353242	-0.127159267104	0.277002102514	0.228211105494	-0.56083856737	-0.416509461812	-0.500940649781	0.0605703914006	0.665680105634	0.414293329829	-0.288709889162	0.988864334159	-0.657237495139	0.642951537882	22.6217682998	24.8583059852	60.2370100833
5	0.438089552963	1.06953230544	0.61476037919	2.87888900969	0.675927348252	2.82432847039	-0.653214757785	0.442667767559	-0.083858048962	-0.168091121915	0.208570043692	-0.194520714971	-0.507574287707	-1.07237238304	-0.109480565509	0.616610124258	0.266562505556	-0.094934681703	1.5310302896	-0.51872901434	0.669580595325	17.0782600128	20.290030742	49.9559859046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 125 through 138 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 139 through 209 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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