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Yorodumi- PDB-6v45: Crystal structure of a Probable carnitine operon oxidoreductase c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v45 | ||||||
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Title | Crystal structure of a Probable carnitine operon oxidoreductase caia from Brucella melitensis | ||||||
Components | Probable carnitine operon oxidoreductase caia | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Probable carnitine operon oxidoreductase caia / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With unknown physiological acceptors / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / peptidoglycan biosynthetic process / transferase activity / oxidoreductase activity / Probable carnitine operon oxidoreductase caia Function and homology information | ||||||
Biological species | Brucella melitensis biotype 1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of a Probable carnitine operon oxidoreductase caia from Brucella melitensis Authors: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v45.cif.gz | 95.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v45.ent.gz | 60.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v45.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v45 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23364.600 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: BrmeA.18116.b.B2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (bacteria) Strain: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / Gene: BMEI0848 / Plasmid: BrmeA.18116.b.B2 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8YHF3, Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With unknown physiological acceptors | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Optimization screen around condition Anatrace MCSG1_E6, well C4: 18.9% (w/V) PEG 3350, 200mM Potassium sulfate: BrmeA.18116.b.B2.PS01846 at 18.1mg/ml: tray 312854c4, cryo: 20% EG in 2 steps: puck xvm4-2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 9354 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.36 % / Biso Wilson estimate: 71.381 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 27.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: MR-rosetta based on PDB entries 4LZH_A, 4A1K_A, 3ZGP_A, 6NTW_A, 5E5L_A, 1ZAT_A, 6D5A_A, 4XVO_B, 4QRB_A, 4Z7A_A Resolution: 2.6→42.96 Å / SU ML: 0.3552 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.124
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 88.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→42.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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