PDB-6uyh: Crystal structure of prolyl-tRNA synthetase from Naegleria fowler...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uyh

タイトル

Crystal structure of prolyl-tRNA synthetase from Naegleria fowleri in complex with halofuginone and AMPPNP

要素

Prolyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / SSGCID /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

halofuginone / AMPPNP / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

プロリンtRNAリガーゼ /

proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of prolyl-tRNA synthetase from Naegleria fowleri in complex with halofuginone and AMPPNP
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uyh.cif.gz	436.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uyh.ent.gz	353.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nabS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nab-d 5xiq-1 5xig-1 4olf-2 5f9z-d 5xio-d 5xii-1 5xij-1 5xik-1 6a88-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NafoA.18681.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (8)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prolyl-tRNA synthetase

B: Prolyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.290, 66.540, 112.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Prolyl-tRNA synthetase 分子量: 59537.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) プラスミド: NafoA.18681.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H034*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 917分子

#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-HFG / 7-bromo-6-chloro-3-{3-[(2R,3S)-3-hydroxypiperidin-2-yl]-2-oxopropyl}quinazolin-4(3H)-one / Halofuginone / (+)-ハロフギノン / Halofuginone 分子量: 414.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇BrClN₃O₃ / コメント: alkaloid, 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NafoA.18681.a.B2.PW37988 at 34 mg/ml, incubated with 2 mM MgCl2, AMPPNP, halofuginone, mixed 1:1 with MCSG1(a6): 25% (w/v) PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris/HCl, pH = 5.5, 0.2 M ammonium sulfate, ...詳細: NafoA.18681.a.B2.PW37988 at 34 mg/ml, incubated with 2 mM MgCl2, AMPPNP, halofuginone, mixed 1:1 with MCSG1(a6): 25% (w/v) PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris/HCl, pH = 5.5, 0.2 M ammonium sulfate, cryoprotected with ethlyene glycol. Barcode: 310518a6, puck: xux0-7.

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.46 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NafoA.18681.a.B2.PW37988 at 34 mg/ml, incubated with 2 mM MgCl2, AMPPNP, halofuginone, mixed 1:1 with MCSG1(a6): 25% (w/v) PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris/HCl, pH = 5.5, 0.2 M ammonium sulfate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月23日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 114792 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.173 % / B_iso Wilson estimate: 22.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 1.032 / Net I/σ(I): 15.69

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	4.203	0.517	2.52	8431	0.813	0.592	99.9
1.8-1.84	4.213	0.4	3.28	8270	0.889	0.458	99.9
1.84-1.9	4.212	0.329	4.06	8025	0.918	0.377	99.9
1.9-1.96	4.211	0.251	5.38	7775	0.95	0.288	99.9
1.96-2.02	4.217	0.196	6.88	7535	0.966	0.224	99.9
2.02-2.09	4.2	0.155	8.69	7311	0.979	0.178	99.9
2.09-2.17	4.199	0.123	10.78	7006	0.986	0.141	99.9
2.17-2.26	4.176	0.101	12.87	6796	0.991	0.116	99.8
2.26-2.36	4.181	0.085	14.81	6515	0.993	0.098	99.8
2.36-2.47	4.179	0.076	16.98	6210	0.994	0.087	99.9
2.47-2.61	4.166	0.063	19.84	5940	0.996	0.072	99.7
2.61-2.77	4.164	0.055	22.02	5623	0.997	0.063	99.8
2.77-2.96	4.143	0.048	24.74	5290	0.997	0.055	99.9
2.96-3.2	4.143	0.042	28.19	4907	0.998	0.048	99.9
3.2-3.5	4.121	0.035	32.18	4535	0.998	0.041	100
3.5-3.91	4.071	0.032	35.07	4126	0.998	0.037	99.9
3.91-4.52	4.101	0.029	37.49	3644	0.999	0.034	100
4.52-5.53	4.119	0.027	38.23	3085	0.999	0.03	99.9
5.53-7.83	4.097	0.027	37	2412	0.999	0.031	99.9
7.83-50	3.902	0.023	38.5	1356	0.999	0.027	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17RC1_3602	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NAB

6nab

解像度: 1.75→42.66 Å / SU ML: 0.174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	1918	1.67 %
R_work	0.154	-	-
obs	0.155	114783	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7889	0	206	888	8983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	11428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.097	5061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1226
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.2487	154	0.2227	7973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.84	0.2351	128	0.2012	8028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.9	0.2604	105	0.2044	8110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.2381	148	0.1866	7976	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.03	0.2047	125	0.1737	8030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.11	0.2063	118	0.1629	8024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.2	0.2004	142	0.1617	8054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.32	0.172	147	0.1598	8001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.47	0.19	135	0.1562	8057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.66	0.1675	147	0.1548	8053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.92	0.1837	137	0.1569	8057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.35	0.1855	132	0.1548	8123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-4.22	0.1515	153	0.1276	8111	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-42.66	0.1591	147	0.1404	8268	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7804	0.2613	-0.3408	0.9849	0.0786	0.8773	0.0711	0.0443	0.0943	0.0145	-0.0997	0.0991	-0.0606	-0.1412	0.0142	0.1183	-0.0264	-0.0106	0.1616	-0.0205	0.1432	41.8767	3.9566	21.6434
2	2.2094	0.4048	-0.0693	1.1396	0.1546	0.8426	0.0576	-0.1613	-0.2889	0.1774	-0.0997	-0.0494	0.1114	-0.0763	-0.0053	0.1659	-0.0517	-0.0142	0.1708	0.0024	0.1856	40.5879	-9.7184	27.6907
3	0.7352	0.4489	0.6098	0.6619	0.4663	2.0443	0.0766	-0.1822	0.0024	0.0024	-0.1914	0.1473	-0.0011	-0.3162	0.1021	0.1796	-0.0464	0.0299	0.2802	-0.0658	0.2649	21.4035	-13.2293	15.0608
4	1.9007	0.0113	-0.5698	0.5436	0.0482	1.3201	0.0642	0.0281	0.1401	-0.0091	-0.0686	-0.0618	-0.0235	-0.0227	0.0076	0.157	-0.032	-0.0077	0.097	0.0066	0.1717	61.4621	8.4103	21.6837
5	0.7845	-0.0725	-0.0086	0.695	0.0871	1.016	0.0498	-0.116	0.1088	0.0482	-0.043	0.0027	-0.0104	-0.1366	-0.0145	0.1357	-0.0324	0.0016	0.1123	-0.01	0.1392	58.8756	12.1162	33.5783
6	0.4144	0.1013	0.1547	1.7457	-0.2244	1.0761	0.0588	-0.0131	-0.0144	-0.1879	-0.0639	-0.2427	0.1262	0.0903	-0.002	0.1308	0.0108	0.0129	0.1342	0.0032	0.2164	79.312	6.4366	27.1098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 382 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 383 THROUGH 505 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 4 THROUGH 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 91 THROUGH 304 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 305 THROUGH 505 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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