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- PDB-6uv1: Crystal structure of RNA helicase DDX17 in complex of rU10 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uv1
タイトルCrystal structure of RNA helicase DDX17 in complex of rU10 RNA
要素
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
  • RNA rU10
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / DEAD-box ATPase / RNA helicase (ヘリカーゼ) / RNA binding (リボ核酸) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle cell differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ATP-dependent activity, acting on RNA / myoblast differentiation / immune system process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / androgen receptor signaling pathway / 上皮間葉転換 ...regulation of skeletal muscle cell differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ATP-dependent activity, acting on RNA / myoblast differentiation / immune system process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / androgen receptor signaling pathway / 上皮間葉転換 / intracellular estrogen receptor signaling pathway / 転写後修飾 / ribonucleoprotein complex binding / SUMOylation of transcription cofactors / mRNA 3'-UTR binding / rRNA processing / defense response to virus / transcription coactivator activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DEAD box protein 17, ATP-binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...DEAD box protein 17, ATP-binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / リボ核酸 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Ngo, T.D. / Partin, A.C. / Nam, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: RNA Specificity and Autoregulation of DDX17, a Modulator of MicroRNA Biogenesis.
著者: Ngo, T.D. / Partin, A.C. / Nam, Y.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
C: RNA rU10
D: RNA rU10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,85418
ポリマ－108,6254
非ポリマー1,22914
水9,908550
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
C: RNA rU10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,95110
ポリマ－54,3122
非ポリマー6398
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
2
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
D: RNA rU10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9038
ポリマ－54,3122
非ポリマー5906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.752, 91.074, 103.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 38 through 39 or resid 41...
21(chain B and (resid 42 through 43 or resid 45 through 1002))
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 38 through 39 or resid 41...A38 - 39
121(chain A and (resid 38 through 39 or resid 41...A41 - 42
131(chain A and (resid 38 through 39 or resid 41...A47 - 475
141(chain A and (resid 38 through 39 or resid 41...A1000 - 1002
211(chain B and (resid 42 through 43 or resid 45 through 1002))B42 - 43
221(chain B and (resid 42 through 43 or resid 45 through 1002))B45 - 1002
112chain CC2 - 8
212chain DD2 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17 / DEAD box protein 17 / DEAD box protein p72 / DEAD box protein p82 / RNA-dependent helicase p72


分子量: 51295.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92841, ヘリカーゼ
#2: RNA鎖 RNA rU10


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 564分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium citrate pH 6.0, 2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 49393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 2465 / Rrim(I) all: 0.832

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DDX17-rU10

解像度: 2.307→46.768 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 2000 4.05 %
Rwork0.1971 --
obs0.1995 49350 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.4 Å2 / Biso mean: 31.1319 Å2 / Biso min: 10.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.307→46.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6937 264 72 550 7823
Biso mean--20.63 34.02 -
残基数----886
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A0X-RAY DIFFRACTION5.881TORSIONAL
12B0X-RAY DIFFRACTION5.881TORSIONAL
21C158X-RAY DIFFRACTION5.881TORSIONAL
22D158X-RAY DIFFRACTION5.881TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.307-2.36450.33291380.2406324496
2.3645-2.42840.3011430.22943403100
2.4284-2.49990.27331420.22453376100
2.4999-2.58060.3211410.22143336100
2.5806-2.67280.28631440.21833403100
2.6728-2.77980.26071430.21123382100
2.7798-2.90630.29081430.21523380100
2.9063-3.05950.30351430.20683382100
3.0595-3.25110.28311420.21313380100
3.2511-3.50210.25241430.19623386100
3.5021-3.85430.25071440.1773408100
3.8543-4.41170.2141430.17453384100
4.4117-5.55680.20541440.16963429100
5.5568-46.7680.22731470.1929345799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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