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- PDB-6uta: Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uta
タイトルCrystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII
要素
  • Env
  • Z004 iGL Fab heavy chain
  • Z004 iGL Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / フラビビリン / immunoglobulin mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / antigen binding / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 ...immunoglobulin complex / フラビビリン / immunoglobulin mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / antigen binding / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / host cell surface / 獲得免疫系 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / blood microparticle / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Env / Immunoglobulin kappa light chain / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Esswein, S.R. / Gristick, H.B. / Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-1-ROCKU.AI138938 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM007616-40 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F30AI147579 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008042 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for Zika envelope domain III recognition by a germline version of a recurrent neutralizing antibody.
著者: Esswein, S.R. / Gristick, H.B. / Jurado, A. / Peace, A. / Keeffe, J.R. / Lee, Y.E. / Voll, A.V. / Saeed, M. / Nussenzweig, M.C. / Rice, C.M. / Robbiani, D.F. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Z004 iGL Fab heavy chain
L: Z004 iGL Fab light chain
E: Env
A: Z004 iGL Fab heavy chain
B: Z004 iGL Fab light chain
C: Env


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5416
ポリマ－120,5416
非ポリマー00
水0
1
H: Z004 iGL Fab heavy chain
L: Z004 iGL Fab light chain
E: Env


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2703
ポリマ－60,2703
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Z004 iGL Fab heavy chain
B: Z004 iGL Fab light chain
C: Env


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2703
ポリマ－60,2703
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.907, 85.907, 327.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLULYSLYSchain 'A'AD1 - 1291 - 138
121THRTHRLYSLYSchain 'A'AD135 - 214144 - 223
231GLUGLULYSLYS(chain 'H' and (resid 1 through 129 or resid 135 through 214))HA1 - 1291 - 138
241THRTHRLYSLYS(chain 'H' and (resid 1 through 129 or resid 135 through 214))HA135 - 214144 - 223
152ASPASPARGARGchain 'B'BE1 - 2111 - 211
262ASPASPARGARGchain 'L'LB1 - 2111 - 211
173SERSERPROPRO(chain 'C' and (resid 304 through 318 or resid 321 through 403))CF304 - 3187 - 21
183THRTHRVALVAL(chain 'C' and (resid 304 through 318 or resid 321 through 403))CF321 - 34724 - 50
193METMETSERSER(chain 'C' and (resid 304 through 318 or resid 321 through 403))CF349 - 40352 - 106
2103SERSERPROPRO(chain 'E' and (resid 304 through 347 or resid 349 through 403))EC304 - 3187 - 21
2113THRTHRVALVAL(chain 'E' and (resid 304 through 347 or resid 349 through 403))EC321 - 34724 - 50
2123METMETSERSER(chain 'E' and (resid 304 through 347 or resid 349 through 403))EC349 - 40352 - 106

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 Z004 iGL Fab heavy chain


分子量: 24819.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6C4S0
#2: 抗体 Z004 iGL Fab light chain


分子量: 23515.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX7
#3: タンパク質 Env


分子量: 11935.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X9PPI0, UniProt: A0A142I5B9*PLUS

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: % w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→38.42 Å / Num. obs: 21992 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 67.73 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1620 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.491 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VIC

5vic


解像度: 3.1→38.42 Å / SU ML: 0.4232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3493
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 1071 4.91 %
Rwork0.2743 20746 -
obs0.2751 21817 93.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→38.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8038 0 0 0 8038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01338222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.571511177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10081268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00761421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.91932971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.240.43391000.36441944X-RAY DIFFRACTION72.64
3.24-3.410.35351070.35462306X-RAY DIFFRACTION84.61
3.41-3.630.35911380.31122654X-RAY DIFFRACTION97.62
3.63-3.910.37571350.32132658X-RAY DIFFRACTION97.42
3.91-4.30.26381560.27192676X-RAY DIFFRACTION98.27
4.3-4.920.2541280.22682752X-RAY DIFFRACTION99.45
4.92-6.190.24551550.24852794X-RAY DIFFRACTION99.49
6.19-38.420.25491520.25172962X-RAY DIFFRACTION98.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.417636216831.766287784820.6801311317874.517739472420.8098015008671.08100428404-0.1142613905970.215996066457-0.187329501111-0.1734932877060.183045202126-0.135466675057-0.00503944721660.204574108986-0.08068083696130.3677582202480.02695097432150.09104741732680.318547438191-0.009968698866570.458741436595-32.21763883440.159151909711.4721472788
20.8565233803790.5117869642280.9144093645164.598791652681.837028142631.563116501380.0951803902675-0.0080761022545-0.1217529670690.276705959275-0.0871225119668-0.005392128672930.260050975633-0.0723273256133-0.02648390537980.3337839942080.02977609104730.07901432821520.3136655709090.0380458528980.484637972863-35.995087359932.186204862227.6514376285
31.882123808690.2885117015990.07564182354636.85832276960.2361269071491.34652279154-0.4265033468860.150505156170.3745484855550.2983507382410.288870280268-0.548637744321-0.4721011880950.1458002992370.1170815521290.621683120103-0.0339068122647-0.04039275421430.440593237503-0.00635096003190.815477421135-17.521594384177.212872348529.2910351613
41.344073855540.943849243899-0.4614516932773.08717315472-0.1128709895911.15019380285-0.1027742403010.146937348201-0.142937175003-0.123609993370.1684205129690.3728627357620.298249079015-0.104699567158-0.04464867253610.3812735007220.0570307147054-0.02015570758070.4009023255380.0331921932630.66790138370111.665282580938.455436454511.1679092106
50.3110794730.7951290276010.1707202000752.85543457430.8509801746451.60138624432-0.0351788798441-0.123415291382-0.2482604719850.2420650642440.0956731919826-0.001875496974230.293612099828-0.0116965030627-0.05742530533540.3681219131010.05653834785120.03212647390790.4328439478080.07299085239250.855970737367.4626547079633.342357502827.8203012932
62.94834618172-0.6453727569620.8479568823293.94535847035-0.7118734462132.037937753050.2551320605920.2980132528430.69808985247-0.0290688409218-0.226380142868-0.0272605144905-0.6438575473950.278156815493-0.06432806345620.528861491366-0.06026917542520.1875792227530.448348370241-0.002536240747620.65619028022828.519074321875.518747453929.6244666862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'H' and resid 1 through 214)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'L' and resid 1 through 212)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'E' and resid 304 through 404)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 1 through 214)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 1 through 212)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 304 through 403)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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