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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ut2 | ||||||
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タイトル | 3D structure of the leiomodin/tropomyosin binding interface | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / pointed end / thin filaments | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pointed-end actin filament capping / positive regulation of heart rate by epinephrine / muscle thin filament tropomyosin / myofibril assembly / actin nucleation / bleb / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of muscle contraction / muscle filament sliding / ruffle organization ...pointed-end actin filament capping / positive regulation of heart rate by epinephrine / muscle thin filament tropomyosin / myofibril assembly / actin nucleation / bleb / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of muscle contraction / muscle filament sliding / ruffle organization / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / M band / regulation of heart contraction / sarcomere organization / structural constituent of muscle / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myofibril / tropomyosin binding / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / striated muscle thin filament / actin monomer binding / positive regulation of cell adhesion / Smooth Muscle Contraction / stress fiber / cardiac muscle contraction / positive regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton organization / actin filament polymerization / cytoskeletal protein binding / sarcomere / negative regulation of cell migration / muscle contraction / actin filament organization / マイクロフィラメント / wound healing / structural constituent of cytoskeleton / ruffle membrane / cellular response to reactive oxygen species / actin filament binding / マイクロフィラメント / actin binding / regulation of cell shape / 細胞骨格 / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Tolkatchev, D. / Smith, G.E. / Helms, G.L. / Cort, J.R. / Kostyukova, A.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020 タイトル: Leiomodin creates a leaky cap at the pointed end of actin-thin filaments. 著者: Tolkatchev, D. / Smith Jr., G.E. / Schultz, L.E. / Colpan, M. / Helms, G.L. / Cort, J.R. / Gregorio, C.C. / Kostyukova, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ut2.cif.gz | 344.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ut2.ent.gz | 292.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ut2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/6ut2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/6ut2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4669.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMOD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P5Q4 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3909.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPM1, C15orf13, TMSA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09493 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 50 mM sodium phosphate; 0.01% sodium azide; 0.2 mM ethylenediaminetetraacetate; 1x cOmplete, Mini, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail (Roche) イオン強度: 0.081 M / Ionic strength err: 0.002 / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |