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- PDB-6ule: Crystal structure of 2541 Fab in complex with circumsporozoite pr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ule | ||||||
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Title | Crystal structure of 2541 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP5 | ||||||
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![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thai, E. / Scally, S.W. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs. Authors: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 426 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 294.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6o23C ![]() 6o24C ![]() 6o25C ![]() 6o26C ![]() 6o28C ![]() 6o29C ![]() 6o2aC ![]() 6o2bC ![]() 6o2cC ![]() 6ulfC ![]() 6vlnC ![]() 6d01S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24263.318 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23444.930 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein/peptide | | ![]() Mass: 2000.006 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P02893 #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.25 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 3.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.55→40 Å / Num. obs: 39583 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 69.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.749 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.701 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6D01 Resolution: 2.55→38.33 Å / SU ML: 0.4834 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.6839
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 86.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→38.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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