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Yorodumi- PDB-6ule: Crystal structure of 2541 Fab in complex with circumsporozoite pr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ule | ||||||
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Title | Crystal structure of 2541 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP5 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Thai, E. / Scally, S.W. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat. Med. / Year: 2020 Title: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs. Authors: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ule.cif.gz | 426 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ule.ent.gz | 294.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ule.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/6ule ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/6ule | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6o23C 6o24C 6o25C 6o26C 6o28C 6o29C 6o2aC 6o2bC 6o2cC 6ulfC 6vlnC 6d01S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24263.318 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23444.930 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | | Mass: 2000.006 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893 #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 3.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033167 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→40 Å / Num. obs: 39583 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 69.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.749 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.701 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6D01 Resolution: 2.55→38.33 Å / SU ML: 0.4834 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.6839
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 86.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→38.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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