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- PDB-6ukl: Crystal Structure of a DiB2-split Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ukl
タイトルCrystal Structure of a DiB2-split Protein
要素(Outer membrane lipoprotein ...) x 2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / lipocalin / beta barrel (Βバレル) / split protein / fluorogen activating protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / cell outer membrane / lipid binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, bacterial / : / Lipocalin-like domain / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Outer membrane lipoprotein Blc / Outer membrane lipoprotein Blc
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Bozhanova, N.G. / Meiler, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM099842 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: DiB-splits: nature-guided design of a novel fluorescent labeling split system.
著者: Bozhanova, N.G. / Gavrikov, A.S. / Mishin, A.S. / Meiler, J.
履歴
登録2019年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane lipoprotein Blc
C: Outer membrane lipoprotein Blc
E: Outer membrane lipoprotein Blc
D: Outer membrane lipoprotein Blc
F: Outer membrane lipoprotein Blc
B: Outer membrane lipoprotein Blc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,05324
ポリマ－60,6056
非ポリマー2,44818
水1,910106
1
A: Outer membrane lipoprotein Blc
B: Outer membrane lipoprotein Blc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8749
ポリマ－20,2022
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
2
C: Outer membrane lipoprotein Blc
D: Outer membrane lipoprotein Blc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,16910
ポリマ－20,2022
非ポリマー9678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area8670 Å2
手法PISA
3
E: Outer membrane lipoprotein Blc
F: Outer membrane lipoprotein Blc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0105
ポリマ－20,2022
非ポリマー8093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.241, 68.241, 216.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-211-

HOH

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要素

-
Outer membrane lipoprotein ... , 2種, 6分子 ACEDFB

#1: タンパク質 Outer membrane lipoprotein Blc


分子量: 12298.773 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal fragment (UNP residues 23-109) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blc, Z5756, ECs5130 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): XJb(DE3) Autolysis / 参照: UniProt: P0A902, UniProt: P0A901*PLUS
#2: タンパク質 Outer membrane lipoprotein Blc


分子量: 7902.951 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal fragment (UNP residues 110-177) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blc, Z5756, ECs5130 / プラスミド: pMRBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): XJb(DE3) Autolysis / 参照: UniProt: P0A902, UniProt: P0A901*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 124分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 4.5, supplemented with 10% 0.1 M iron(III) chloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月4日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→72.1 Å / Num. obs: 39425 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 30.423 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 346459
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1913 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.989 / % possible all: 97.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QWD

1qwd


解像度: 2.02→72.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 1885 4.8 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2071 37418 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.69 Å2 / Biso mean: 36.833 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→72.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3698 0 142 106 3946
Biso mean--69.57 36.06 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.6735355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3371.5968052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4945454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.99720.383235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60415603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8051539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2123.491828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2143.4861826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2845.2082275
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 151 -
Rwork0.262 2701 -
all-2852 -
obs--97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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