PDB-6ui5: Tmn9 in complex with cofactor FAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ui5

タイトル

Tmn9 in complex with cofactor FAD

要素

2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Complex /

cyclase / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding /

monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily /

フラビンアデニンジヌクレオチド / 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase / Putative FAD-dependent monooxygenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. NRRL 11266 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Paiva, F.C.R. / Little, R. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tmn9 in complex with cofactor FAD
著者: Paiva, F.C.R. / Little, R. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.

履歴

登録	2019年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ui5.cif.gz	402.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ui5.ent.gz	330.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ui5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xgvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vgb-2 1gm5-d 6uiq-d 4k2x-d 4nu9-d 5epc-d 5xfv-d 6a9f-d 3vgd-2 3wb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase

B: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.205, 85.605, 207.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase 分子量: 54334.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL 11266 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2M8ZYZ6, UniProt: Q1MX79*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% w/v PEG 8000, 100 mM sodium cacodylate pH 6,5, 200 mM sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976255 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976255 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→49.79 Å / Num. obs: 52087 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 57.47 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 328949 / Scaling rejects: 22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.26-2.33	6	1.338	25638	4307	0.524	0.589	1.466	1.3	96.6
9.31-49.79	5.4	0.033	4603	860	0.992	0.015	0.036	36.4	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XGV

5xgv

解像度: 2.4→49.788 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	2156	4.96 %
R_work	0.2027	-	-
obs	0.205	43485	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 222.85 Å² / B_iso mean: 83.9249 Å² / B_iso min: 32.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→49.788 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7584	0	106	38	7728
B_iso mean	-	-	94.1	56.41	-
残基数	-	-	-	-	994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	10718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1412
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.296	4618

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4-2.4558	0.4008	141	0.3303	2717	99
2.4558-2.5172	0.3946	122	0.3194	2738	100
2.5172-2.5853	0.3548	144	0.2995	2690	100
2.5853-2.6614	0.3764	155	0.2967	2707	100
2.6614-2.7473	0.3565	138	0.295	2710	100
2.7473-2.8454	0.3376	155	0.2893	2736	100
2.8454-2.9594	0.3391	135	0.2682	2712	100
2.9594-3.094	0.3371	155	0.2458	2738	100
3.094-3.2571	0.3068	139	0.2431	2745	100
3.2571-3.4611	0.3119	140	0.2305	2742	100
3.4611-3.7283	0.2481	126	0.2023	2769	100
3.7283-4.1033	0.2032	145	0.1737	2780	100
4.1033-4.6967	0.2085	147	0.154	2789	100
4.6967-5.9158	0.2024	152	0.1753	2798	99
5.9158-49.788	0.1892	162	0.1636	2958	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.2767 Å / Origin y: -11.2119 Å / Origin z: 233.1232 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3886 Å²	-0.0148 Å²	0.0144 Å²	-	0.3467 Å²	0.1253 Å²	-	-	0.4724 Å²
L	0.8966 °²	-0.229 °²	0.3735 °²	-	0.5009 °²	-0.5815 °²	-	-	1.7457 °²
S	0.0327 Å °	-0.1601 Å °	-0.1102 Å °	0.0555 Å °	0.1517 Å °	0.2459 Å °	0.0858 Å °	-0.161 Å °	-0.1288 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 499
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 499
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	70 - 100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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