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- PDB-6u6t: Neuronal growth regulator 1 (NEGR1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u6t
タイトルNeuronal growth regulator 1 (NEGR1)
要素Neuronal growth regulator 1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / synaptic organizer / IgLON / Ig domain-containing
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / feeding behavior / regulation of synapse assembly / locomotory behavior / brain development / positive regulation of neuron projection development / 細胞接着 / neuron projection development / neuronal cell body / 樹状突起 ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / feeding behavior / regulation of synapse assembly / locomotory behavior / brain development / positive regulation of neuron projection development / 細胞接着 / neuron projection development / neuronal cell body / 樹状突起 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal growth regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Machius, M. / Venkannagari, H. / Misra, A. / Rudenko, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH077303 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Highly Conserved Molecular Features in IgLONs Contrast Their Distinct Structural and Biological Outcomes.
著者: Venkannagari, H. / Kasper, J.M. / Misra, A. / Rush, S.A. / Fan, S. / Lee, H. / Sun, H. / Seshadrinathan, S. / Machius, M. / Hommel, J.D. / Rudenko, G.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal growth regulator 1
B: Neuronal growth regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8738
ポリマ－64,0322
非ポリマー1,8426
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.569, 97.218, 252.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

CA

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...
21(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A47 - 50
121(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A52 - 60
131(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A62
141(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A0
151(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A0
161(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A64
171(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A166 - 172
181(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
191(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A201 - 206
1101(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A212 - 230
1111(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A232 - 223
1121(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A241 - 258
1131(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A294 - 312
1141(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A313
1151(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1161(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1171(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1181(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1191(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1201(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1211(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
1221(chain A and (resid 47 through 50 or resid 52...A46 - 602
211(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B47 - 50
221(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B52 - 60
231(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B62
241(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B68 - 94
251(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B0
261(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B64
271(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B166 - 172
281(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B43 - 501
291(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B184 - 199
2101(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B201 - 20
2111(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B212 - 230
2121(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B232 - 23
2131(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B241 - 258
2141(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B271 - 283
2151(chain B and (resid 47 through 50 or resid 52...B294 - 501

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要素

#1: タンパク質 Neuronal growth regulator 1 / IgLON family member 4


分子量: 32015.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEGR1, IGLON4, UNQ2433/PRO4993 / プラスミド: pFastbac
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
参照: UniProt: Q7Z3B1
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein: 2.5 mg/ml NEGR1 in 10 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl. Reservoir Solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris pH 9.0, 0.2 M MgCl2, 0.6 M NaI. Crystallization Drop: 1 micro-Liter NEGR1 + 1 ...詳細: Protein: 2.5 mg/ml NEGR1 in 10 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl. Reservoir Solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris pH 9.0, 0.2 M MgCl2, 0.6 M NaI. Crystallization Drop: 1 micro-Liter NEGR1 + 1 micro-Liter Reservoir Solution Single crystals were obtained via microseeding, and their size improved to ~600 x 200 micro-meters by macroseeding. Crystals harvested from the crystallization drops were cryo-protected in reservoir solution containing 20% (v/v) MPD and then flash cooled by plunging into liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→31.81 Å / Num. obs: 16011 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.01-3.064.10.4844640.8750.2510.550.87850.2
3.06-3.124.60.4324960.9610.210.4830.86656.6
3.12-3.1850.4195500.9540.1960.4650.95259.7
3.18-3.245.30.3625760.930.1640.3990.9162.7
3.24-3.315.30.326200.9750.1430.3520.9670.5
3.31-3.395.50.2626670.9740.1140.2870.91971.6
3.39-3.475.80.2427290.9830.1030.2640.89380.7
3.47-3.575.90.2228090.9840.0920.2410.97288.4
3.57-3.676.60.28570.9880.080.2160.96293.5
3.67-3.796.70.1718920.9840.0680.1850.9798.1
3.79-3.9370.1469050.9830.0590.1581.03199.9
3.93-4.096.70.1189360.9710.0490.1281.05699.2
4.09-4.277.30.1028910.9840.040.1091.143100
4.27-4.57.20.0849130.9860.0330.091.17599.7
4.5-4.787.70.0749410.9960.0280.0791.10499.9
4.78-5.157.50.079300.9950.0270.0761.139100
5.15-5.667.20.0679380.9870.0260.0731.107100
5.66-6.487.60.0669340.9920.0250.0711.083100
6.48-8.177.30.0589650.9930.0230.0631.057100
8.17-1006.90.0549980.990.0220.0590.97897.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.08 Å31.88 Å
Translation3.08 Å31.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
HKL-2000718データ削減
HKL-2000718データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UV6

5uv6


解像度: 3.01→31.81 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 498 3.48 %
Rwork0.2338 --
obs0.2357 14290 77.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 239.75 Å2 / Biso mean: 62.6765 Å2 / Biso min: 20.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→31.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 223 0 4381
Biso mean--83.07 --
残基数----539
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1220X-RAY DIFFRACTION2.622TORSIONAL
12B1220X-RAY DIFFRACTION2.622TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.01-3.30670.359690.2931192844
3.3067-3.78460.31441110.2571306669
3.7846-4.76560.24811520.2151420495
4.7656-31.810.29171660.22854594100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83140.2661-2.12312.57810.72186.03020.17770.85120.1577-0.42620.14520.46-0.3324-0.47020.64810.3785-0.0947-0.08090.51-0.16870.4667-35.46372.996387.3949
22.7379-0.7493-2.4790.51150.59283.5882-0.1830.1025-0.01010.224-0.05720.07960.5377-0.27940.2530.2996-0.1404-0.04190.2949-0.0680.305-16.0855-10.982366.5234
32.91010.1208-1.03412.49450.1190.3791-0.09170.4667-0.0762-0.47720.0709-0.47160.18770.6229-0.04230.29250.03860.11720.79990.04620.39198.7013-15.559320.3931
42.0634-0.23710.06652.8814-0.43814.734-0.1666-0.3941-0.49650.1892-0.04050.09470.3649-0.1044-0.03040.2902-0.00990.05230.6040.29850.4792-6.5584-50.7798-15.8214
51.1784-0.46580.56123.37181.45042.3609-0.00190.3129-0.0885-0.5367-0.09250.4578-0.3434-0.2769-0.26160.35540.0796-0.03980.88970.18790.3123-12.5815-17.702211.0782
62.6815-0.8662-0.36064.44550.0456.65210.3254-0.03630.45010.0553-0.2954-0.1809-0.8701-0.0351-0.03860.3122-0.0254-0.06780.29190.06760.457-12.77962.677446.5717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 101 )A46 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 222 )A102 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 313 )A223 - 313
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 43 through 136 )B43 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 137 through 222 )B137 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 223 through 313 )B223 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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