[日本語] English
万見
- PDB-6u3i: Design of organo-peptides as bipartite PCSK9 antagonists -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3i
タイトルDesign of organo-peptides as bipartite PCSK9 antagonists
要素
  • 7G7 heavy chain
  • 7G7 light chain
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9PCSK9
  • cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)I(D-ser)LLR - NH2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / Inhibitor / complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / very-low-density lipoprotein particle binding / PCSK9-LDLR complex / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding ...negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / very-low-density lipoprotein particle binding / PCSK9-LDLR complex / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / LDL clearance / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / lipoprotein metabolic process / signaling receptor inhibitor activity / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of receptor internalization / endolysosome membrane / regulation of signaling receptor activity / sodium channel inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / apolipoprotein binding / positive regulation of receptor internalization / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / phospholipid metabolic process / regulation of neuron apoptotic process / VLDLR internalisation and degradation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / 神経発生 / liver development / cholesterol homeostasis / kidney development / Post-translational protein phosphorylation / neuron differentiation / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / late endosome / リソソーム / エンドソーム / lysosomal membrane / 小胞体 / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / RNA binding / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Jelly Rolls / Alpha-Beta Plaits / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAb 6H10 light chain / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Kirchhofer, D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Design of Organo-Peptides As Bipartite PCSK9 Antagonists.
著者: Burdick, D.J. / Skelton, N.J. / Ultsch, M. / Beresini, M.H. / Eigenbrot, C. / Li, W. / Zhang, Y. / Nguyen, H. / Kong-Beltran, M. / Quinn, J.G. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)I(D-ser)LLR - NH2
H: 7G7 heavy chain
L: 7G7 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8995
ポリマ－124,8594
非ポリマー401
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomeric complex
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.570, 143.030, 241.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 7G7 heavy chain


分子量: 24117.857 Da / 分子数: 1 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 7G7 light chain


分子量: 23659.061 Da / 分子数: 1 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A0U5BC76

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / PCSK9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / PCSK9


分子量: 75566.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)I(D-ser)LLR - NH2


分子量: 1515.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 27分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.64 % / 解説: Plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane
PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月25日 / 詳細: Si 111
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.74 Å / Num. obs: 43160 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 55.16 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.652 / Rsym value: 1.009 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VLP

5vlp


解像度: 2.9→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.403 / SU Rfree Blow DPI: 0.261
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2197 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 43105 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.77 Å2 / Biso mean: 57.58 Å2 / Biso min: 27.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.431 Å20 Å20 Å2
2--13.3427 Å20 Å2
3---15.0884 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7772 0 111 26 7909
Biso mean--57.54 45.5 -
残基数----1024
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3316SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2535HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15623HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1059SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16225SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15623HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg28150HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.64
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3618 39 4.52 %
Rwork0.2588 824 -
all0.2638 863 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11050.2912-0.35110.7460.60450.2406-0.00280.0031-0.0187-0.01720.00660.01130.00190.0018-0.0038-0.00520.02070.0123-0.04110.00310.011721.952120.28867.7405
200.2374-0.56610-0.34510.503-0.0028-0.00230.01480.01110.00130.02870.0039-0.01410.00150-0.02090.0651-0.02270.01530.010716.424832.665687.4886
30.00120.6126-0.51780.471-0.1480.0098-0.0017-0.005-0.01050.0032-0.0084-0.0054-0.01230.00420.01-0.02-0.01920.0255-0.01660.05180.020429.619538.70578.1124
40.40880.5912-0.50140.4767-0.42840.57880.00550.009-0.00480.0366-0.00950.01810.00880.01890.0039-0.0368-0.01340.0331-0.03920.0334-0.017235.54548.15373.4481
50.0817-0.1810.36950.0441-0.27170.5462-0.0018-0.0020.0003-0.00170.0010.0102-0.00450.00030.0008-0.0075-0.00520.00120.0053-0.0082-0.00841.551662.231151.4582
60.09580.1738-0.08660.0784-0.27360.37910.00450.00940.00870.009-0.0115-0.00120.00480.0090.007-0.0014-0.0017-0.0171-0.00490.0051-0.012150.830761.271658.6444
700.10930.1180.0501-0.19380.3070.0012-0.0006-0.00270.0118-0.0008-0.0036-0.0050.0067-0.00030.003-0.02490.0004-0.0093-0.0167-0.002147.116260.307468.0546
800.02140.0130.01440.07930.0113-0.00040.00010.00090.00050.0006-0.0001-0.00140.0001-0.00020.006-0.01530.0114-0.0058-0.0134-0.001326.695654.529194.5599
90.0102-0.0333-0.22290.02840.10090.13460.00110.00040.0008-0.00040.001200.00130.0073-0.00230.00690.00610.0061-0.00420.0043-0.004152.65347.501621.6399
1000.0929-0.11330.0060.47051.18810.0047-0.034-0.0129-0.03540.01490.03270.03420.0522-0.0196-0.01720.0314-0.04640.0114-0.0028-0.0348.99451.542626.5469
110.01130.51611.03060.5170.65190.49070.0030.00550.03070.00290.0044-0.0189-0.01260.0101-0.00740.0265-0.023-0.0767-0.0088-0.01080.003642.967749.8557-0.9413
120.22250.26110.03250.0376-0.04190.05820.0003-0.0016-0.0023-0.0029-0.00360.0048-0.003-0.00410.00330.0011-0.0105-0.01290.0037-0.0010.006725.766963.549928.8569
130.2549-0.17810.58060.1123-0.05960.34450.0001-0.00050-0.0118-0.00550.01-0.0022-0.00180.0054-0.00660.0039-0.00980.0034-0.0155-0.009435.942667.911829.449
140-0.21510.38140.36110.34650.12730.0003-0.0136-0.0169-0.0066-0.00830.0051-0.00340.00150.0080.00650.0001-0.0298-0.0095-0.0087-0.006432.585862.657823.6806
150-0.30460.866200.39950.6234-0.0059-0.0111-0.00320.0061-0.0037-0.00010.0034-0.02480.00960.0176-0.0352-0.0836-0.0033-0.0325-0.035128.590146.3818-2.2797
160.0961-0.16430.739100.50560.0888-0.00040.00180.0049-0.0020.00420.00550.0012-0.0089-0.0038-0.002-0.0132-0.03460.0105-0.0254-0.008922.826846.6157-10.4075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|61 - 186}A61 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2{A|187 - 277}A187 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3{A|278 - 359}A278 - 359
4X-RAY DIFFRACTION4{A|360 - 528}A360 - 528
5X-RAY DIFFRACTION5{A|529 - 566}A529 - 566
6X-RAY DIFFRACTION6{A|567 - 625}A567 - 625
7X-RAY DIFFRACTION7{A|626 - 682}A626 - 682
8X-RAY DIFFRACTION8{B|1 - 11}B1 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9{H|1 - 17}H1 - 17
10X-RAY DIFFRACTION10{H|18 - 145}H18 - 145
11X-RAY DIFFRACTION11{H|146 - 222}H146 - 222
12X-RAY DIFFRACTION12{L|1 - 25}L1 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13{L|26 - 76}L26 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14{L|77 - 110}L77 - 110
15X-RAY DIFFRACTION15{L|111 - 187}L111 - 187
16X-RAY DIFFRACTION16{L|188 - 214}L188 - 214

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る