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万見
- PDB-6u0b: Neutron crystal structure of wtT4LD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u0b
タイトルNeutron crystal structure of wtT4LD
要素EndolysinLysin
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / T4 Lysozyme / cavity
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Li, L.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Solvent entry into cavities of T4 lysozyme.
著者: Li, L. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6642
ポリマ－18,6281
非ポリマー351
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.870, 60.870, 97.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Endolysin / Lysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 18628.363 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P00720*PLUS, リゾチーム
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: ~2.0 M Na/K phosphate, pH 6-7, 250 mM NaCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12981N
22981N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.5418
NUCLEAR REACTORORNL Spallation Neutron Source MANDI22.0-4.0
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2017年8月1日
ORNL ANGER CAMERA2IMAGE PLATE2017年8月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
221
341
反射

Entry-ID: 6U0B

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.95-351567799.95.80.109116.7
2.1-151007178.83.30.17826.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID
1.95-2.020.4624.715351
2.1-2.180.27432.688462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Mantidデータ削減
LaueViewデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

% reflection Rfree: 4.97 % / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 19.88 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5VNQ

5vnq

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.951-35X-RAY DIFFRACTION115.2530.58312.070.19840.16410.16586311567799.9711.35
2.101-14.457NEUTRON DIFFRACTION0.2510.21870.22045011007180.1420
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.951→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 1 91 1401
Biso mean--28.4 37.82 -
残基数----164
LS精密化 シェル

Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.101-2.31160.29291110.27262125NEUTRON DIFFRACTION73
2.3116-2.64440.24411230.24622437NEUTRON DIFFRACTION82
2.6444-3.32490.25251410.24182501NEUTRON DIFFRACTION85
3.3249-14.4570.23881260.18152507NEUTRON DIFFRACTION81
1.951-2.07280.26481300.19612430X-RAY DIFFRACTION100
2.0728-2.23280.19921250.16332440X-RAY DIFFRACTION100
2.2328-2.45740.22161210.16572447X-RAY DIFFRACTION100
2.4574-2.81290.22051290.18112471X-RAY DIFFRACTION100
2.8129-3.54340.18731380.18432495X-RAY DIFFRACTION100
3.5434-350.18091360.14082616X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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