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- PDB-6tnh: Deoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) quaternary structure with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tnh
タイトルDeoxyguanylosuccinate synthase (DgsS) quaternary structure with AMPPcP, dGMP, Asp, Magnesium at 2.21 Angstrom resolution
要素Adenylosuccinate synthetaseアデニロコハク酸シンターゼ
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / 2 / 6-diaminopurine / phage phiVC8 / Synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-2'-deoxyadenylo-succinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / purine nucleotide biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
N6-succino-2-amino-2'-deoxyadenylate synthase / アデニロコハク酸シンターゼ / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / アデニロコハク酸シンターゼ / アデニロコハク酸シンターゼ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / アスパラギン酸 / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N6-succino-2-amino-2'-deoxyadenylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio phage phiVC8 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Sleiman, D. / Loc'h, J. / Haouz, A. / Kaminski, P.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A third purine biosynthetic pathway encoded by aminoadenine-based viral DNA genomes.
著者: Sleiman, D. / Garcia, P.S. / Lagune, M. / Loc'h, J. / Haouz, A. / Taib, N. / Rothlisberger, P. / Gribaldo, S. / Marliere, P. / Kaminski, P.A.
履歴
登録2019年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
B: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,53713
ポリマ－81,1952
非ポリマー2,34311
水7,116395
1
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9678
ポリマ－40,5971
非ポリマー1,3707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5705
ポリマ－40,5971
非ポリマー9734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.640, 91.640, 189.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylosuccinate synthetase / アデニロコハク酸シンターゼ


分子量: 40597.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio phage phiVC8 (ファージ) / 遺伝子: phiVC8_p27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FFN6

-
非ポリマー , 6種, 406分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP / デオキシグアノシン一リン酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸 / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1M LiSO4, 2%PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979346 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979346 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→47.38 Å / Num. obs: 40942 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 51.14 Å2 / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 6.88
反射 シェル解像度: 2.21→2.34 Å / Num. unique obs: 6300 / CC1/2: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FLF

6flf


解像度: 2.21→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2043 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 40865 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 148.74 Å2 / Biso mean: 52.91 Å2 / Biso min: 28.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3247 Å20 Å20 Å2
2---7.3247 Å20 Å2
3---14.6494 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5323 0 143 395 5861
Biso mean--66.9 51.72 -
残基数----689
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1921SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes853HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5579HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion727SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7528SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5579HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7589HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.58
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 145 5 %
Rwork0.2715 2753 -
all0.2702 2898 -
obs--96.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3085-0.0391-0.10060.44640.34870.6732-0.02610.0296-0.01830.065-0.03910.0350.06430.00130.06520.0336-0.00060.00390.0374-0.0077-0.13678.639232.23687.3342
20.3262-0.07130.03750.22150.18871.2224-0.0091-0.01290.0201-0.0488-0.0348-0.0099-0.1362-0.06450.04380.1120.0231-0.038-0.0294-0.0116-0.15252.327661.09912.4107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-1 - 343
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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