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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tlh | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse KANK3 ankyrin repeats | ||||||||||||
要素 | KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3 | ||||||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Protein binding (タンパク質) / Ankyrin repeat domain-containing protein 47 / actin polymerization (アクチン) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of actin filament polymerization / negative regulation of stress fiber assembly / 細胞骨格 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Khan, R. / Singh, A.K. / Goult, B.T. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of mouse KANK3 ankyrin repeats 著者: Khan, R. / Singh, A.K. / Goult, B.T. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tlh.cif.gz | 109.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tlh.ent.gz | 84.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tlh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tlh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4hbdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27045.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 524-773 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kank3, Ankrd47, D17Ertd288e, Ng28 / プラスミド: pET-151-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z1P7 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→69.32 Å / Num. obs: 42604 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2516 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.472 / Rrim(I) all: 0.909 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4hbd 解像度: 1.8→53.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.749 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.137 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.28 Å2 / Biso mean: 32.084 Å2 / Biso min: 16.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→53.17 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 1761 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 4.13 Å / Weight position: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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