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- PDB-6t8s: Structure of the major Type IV pilin PilA1 from Clostridium difficile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t8s
タイトルStructure of the major Type IV pilin PilA1 from Clostridium difficile
要素Pilinピリン
キーワードPROTEIN FIBRIL / Pillin / Type IV Pillin
機能・相同性Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / protein secretion by the type II secretion system / Prokaryotic N-terminal methylation site / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / ピリン
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Crawshaw, A.D. / Basle, A. / Salgado, P.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
MedicalMR/M000923/1 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: A practical overview of molecular replacement: Clostridioides difficile PilA1, a difficult case study.
著者: Crawshaw, A.D. / Basle, A. / Salgado, P.S.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Pilin
BBB: Pilin
CCC: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7333
ポリマ－47,7333
非ポリマー00
水4,576254
1
AAA: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9111
ポリマ－15,9111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9111
ポリマ－15,9111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9111
ポリマ－15,9111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.570, 102.570, 104.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Pilin / ピリン


分子量: 15910.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
遺伝子: pilE1, SAMEA840506_01547, SAMEA897066_02999, SAMEA897109_03172, SAMEA897162_02309
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A449M2W4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→73.25 Å / Num. obs: 67404 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.6811.73.6843977933960.391.1423.8620.6100
8.89-73.1413.40.04771215330.9990.0130.04941.199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.65→73.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.082
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 3423 5.1 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1952 63905 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.35 Å2 / Biso mean: 26.4 Å2 / Biso min: 15.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→73.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2995 0 0 254 3249
Biso mean---34.38 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0133142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.6344291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3051.5846964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6895429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24228.142113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35415574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02499
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 220 -
Rwork0.337 4684 -
all-4904 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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