PDB-6szd: Hydrogenase-2 variant R479K - hydrogen reduced form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6szd

タイトル

Hydrogenase-2 variant R479K - hydrogen reduced form

要素

(Hydrogenase-2 ...

ヒドロゲナーゼ) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / [NiFe]-hydrogenase / iron-sulphur clusters

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒドロゲナーゼ (受容体) / [Ni-Fe] hydrogenase complex /

ferredoxin hydrogenase complex /

hydrogenase (acceptor) activity /

ferredoxin hydrogenase activity /

嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding /

iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / respiratory electron transport chain ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli 908519 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Carr, S.B. / Beaton, S.E. / Evans, R.M. / Armstrong, F.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hydrogen activation by NiFe-hydrogenases - consolidating the role of the pendant arginine.
著者: Beaton, S.E. / Evans, R.M. / Kertess, L. / Carr, S.B. / Armstrong, F.A.

履歴

登録	2019年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6szd.cif.gz	375.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6szd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6szd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/6szd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/6szd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6syoC 6syxC 6szkC 6en9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xvd-d 6en9-d 5xvc-d 6syx-d 5xvb-d 6gan-d 6gam-d 6syo-d 3myr-6 1s80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (18) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

SSS: Hydrogenase-2 small chain

LLL: Hydrogenase-2 large chain

TTT: Hydrogenase-2 small chain

MMM: Hydrogenase-2 large chain

ヘテロ分子

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.424, 100.564, 168.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains S T
2	2	Chains L M

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
Hydrogenase-2 ... , 2種, 4分子 SSSTTTLLLMMM

#1: タンパク質	Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / プラスミド: pOC / 詳細 (発現宿主): Plasmid encoding HybO gene / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69741, ヒドロゲナーゼ (受容体)
#2: タンパク質	Hydrogenase-2 large chain 分子量: 62529.891 Da / 分子数: 2 / Mutation: R479K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Variant R479K / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908519 (大腸菌) / 遺伝子: HMPREF1604_02362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0V766

#1: タンパク質

Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / プラスミド: pOC / 詳細 (発現宿主): Plasmid encoding HybO gene / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69741,

ヒドロゲナーゼ (受容体)

#2: タンパク質

Hydrogenase-2 large chain

分子量: 62529.891 Da / 分子数: 2 / Mutation: R479K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Variant R479K / 由来: (組換発現)

Escherichia coli 908519 (大腸菌) / 遺伝子: HMPREF1604_02362 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0V766

-
非ポリマー , 8種, 1241分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#6: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.38 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-tris pH 6.5, 200 mM MgCl2 18-21% PEG 3350 PH範囲: 6.5-6.9 / Temp details: Ambient temperature in anaerobic glove box

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→100.5 Å / Num. obs: 262942 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 12636 / CC_1/2: 0.515 / R_pim(I) all: 0.9 / R_rim(I) all: 1.2 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6en9

6en9

解像度: 1.5→86.375 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.434 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1731	13281	5.054 %
R_work	0.1518	-	-
all	0.153	-	-
obs	-	262802	97.629 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.131 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.816 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.122 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.937 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→86.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12650	0	75	1226	13951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	13176
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	1.636	18013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.536	1.569	27705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.475	5	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.488	23.176	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.908	15	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.299	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	14816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	6536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	5698
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	947
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.332	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.13	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.552	1.761	6591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.552	1.761	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.078	2.639	8244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.077	2.639	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.581	1.999	6585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.55	1.996	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.851	2.899	9695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.845	2.895	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.606	21.955	15365
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.524	21.577	15076
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.047	0.05	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.058	0.05	18994

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.289	943	0.28	17911	0.28	19723	0.758	0.767	95.594	0.276
1.539-1.581	0.275	930	0.256	17544	0.257	19281	0.822	0.83	95.8145	0.248
1.581-1.627	0.25	889	0.234	17045	0.235	18724	0.857	0.865	95.7808	0.221
1.627-1.677	0.222	967	0.208	16646	0.209	18193	0.901	0.908	96.812	0.191
1.677-1.732	0.226	837	0.195	16233	0.196	17618	0.912	0.921	96.8895	0.175
1.732-1.793	0.202	829	0.178	15776	0.18	17102	0.929	0.936	97.0939	0.158
1.793-1.86	0.191	834	0.163	15247	0.165	16499	0.945	0.951	97.4665	0.143
1.86-1.936	0.175	758	0.151	14790	0.152	15900	0.956	0.958	97.7862	0.133
1.936-2.022	0.17	816	0.144	14078	0.146	15256	0.96	0.965	97.6272	0.129
2.022-2.121	0.165	736	0.138	13580	0.14	14574	0.965	0.971	98.2297	0.125
2.121-2.236	0.166	687	0.132	12985	0.134	13885	0.966	0.974	98.466	0.121
2.236-2.371	0.159	636	0.129	12333	0.13	13184	0.969	0.975	98.3692	0.119
2.371-2.535	0.151	586	0.124	11672	0.125	12391	0.972	0.976	98.9266	0.116
2.535-2.738	0.152	548	0.126	10890	0.128	11552	0.971	0.976	99.0132	0.12
2.738-2.999	0.16	580	0.133	10016	0.135	10685	0.969	0.973	99.1671	0.129
2.999-3.352	0.163	482	0.144	9136	0.145	9678	0.968	0.973	99.38	0.141
3.352-3.87	0.148	434	0.137	8100	0.138	8585	0.977	0.978	99.4059	0.137
3.87-4.737	0.127	359	0.121	6933	0.121	7304	0.982	0.983	99.8357	0.124
4.737-6.689	0.17	284	0.156	5445	0.157	5737	0.977	0.979	99.8606	0.157
6.689-86.375	0.193	146	0.162	3161	0.164	3314	0.965	0.966	99.7888	0.186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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