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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6syx | |||||||||
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タイトル | Hydrogenase-2 variant R479K - reduced sample exposed to pure oxygen | |||||||||
要素 | (Hydrogenase-2 ...ヒドロゲナーゼ) x 2 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / [NiFe]-hydrogenase / iron-sulphur clusters | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒドロゲナーゼ (受容体) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / respiratory electron transport chain ...ヒドロゲナーゼ (受容体) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / respiratory electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / electron transfer activity / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Escherichia coli 908519 (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Carr, S.B. / Beaton, S.E. / Evans, R.M. / Armstrong, F.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Hydrogen activation by NiFe-hydrogenases - consolidating the role of the pendant arginine. 著者: Beaton, S.E. / Evans, R.M. / Kertess, L. / Carr, S.B. / Armstrong, F.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6syx.cif.gz | 394.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6syx.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6syx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Hydrogenase-2 ... , 2種, 4分子 SSSTTTLLLMMM
#1: タンパク質 | 分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / プラスミド: pOC 詳細 (発現宿主): Contains HybO gene with c-terminal his-tag 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69741, ヒドロゲナーゼ (受容体) #2: タンパク質 | 分子量: 62529.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Variant R479K / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908519 (大腸菌) / 遺伝子: HMPREF1604_02362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0V766 |
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-非ポリマー , 9種, 1834分子
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MG / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bis-tris pH 6.5, 200 mM MgCl2, 18-21% PEG 3350 PH範囲: 6.5-6.9 / Temp details: Ambient temperature in anaerobic glove box |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→87.133 Å / Num. obs: 423495 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 1.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 20494 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.93 / Rrim(I) all: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6en9 解像度: 1.3→87.133 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.816 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.004 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→87.133 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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