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- PDB-6svm: Crystal structure of human GFAT-1 in complex with Glucose-6-Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6svm
タイトルCrystal structure of human GFAT-1 in complex with Glucose-6-Phosphate, L-Glu, and UDP-GalNAc
要素Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Glutamine fructose-6-phosphate aminotransferase / GFAT / Ntn hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GFPT1 causes CMSTA1 / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / XBP1(S) activates chaperone genes / energy reserve metabolic process / carbohydrate derivative binding / fructose 6-phosphate metabolic process ...Defective GFPT1 causes CMSTA1 / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / XBP1(S) activates chaperone genes / energy reserve metabolic process / carbohydrate derivative binding / fructose 6-phosphate metabolic process / protein N-linked glycosylation / glutamine metabolic process / circadian regulation of gene expression / extracellular exosome / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerising / : / Glutamine amidotransferase domain / GlmS/FrlB, SIS domain 2 / GlmS/AgaS, SIS domain 1 / SIS domain / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / SIS domain / SIS domain profile. ...Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerising / : / Glutamine amidotransferase domain / GlmS/FrlB, SIS domain 2 / GlmS/AgaS, SIS domain 1 / SIS domain / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース-6-リン酸 / グルタミン酸 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.481 Å
データ登録者Ruegenberg, S. / Horn, M. / Pichlo, C. / Allmeroth, K. / Baumann, U. / Denzel, M.S.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research01GQ1423A ドイツ
European CommissionERC-2014-StG-640254-MetAGEn ドイツ
European UnioniNEXT, Horizon 2020 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Loss of GFAT-1 feedback regulation activates the hexosamine pathway that modulates protein homeostasis.
著者: Ruegenberg, S. / Horn, M. / Pichlo, C. / Allmeroth, K. / Baumann, U. / Denzel, M.S.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1
B: Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,3239
ポリマ－155,3922
非ポリマー1,9317
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer, light scattering, tetramer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area48700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.995, 151.995, 165.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1 / D-fructose-6-phosphate amidotransferase 1 / Glutamine:fructose-6-phosphate amidotransferase 1 / ...D-fructose-6-phosphate amidotransferase 1 / Glutamine:fructose-6-phosphate amidotransferase 1 / GFAT1 / Hexosephosphate aminotransferase 1


分子量: 77696.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFPT1, GFAT, GFPT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06210, glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)

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非ポリマー , 5種, 70分子

#2: 化合物 ChemComp-G6Q / GLUCOSE-6-PHOSPHATE / D-グルコ-ス6-りん酸 / グルコース-6-リン酸


分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis tris propane pH 8.75, 0.2 M Potassium sodium tartrate, 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.481→49.1596 Å / Num. obs: 68982 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.75
反射 シェル解像度: 2.481→2.57 Å / Num. unique obs: 6701 / CC1/2: 0.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2499精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSMar 15, 2019データ削減
XDSMar 15, 2019データスケーリング
PHENIXdev_2499位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R4E

6r4e


解像度: 2.481→49.15 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 1935 2.81 %
Rwork0.1886 --
obs0.1896 68975 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 312.75 Å2 / Biso mean: 95.5432 Å2 / Biso min: 30.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.481→49.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10380 0 208 63 10651
Biso mean--71.6 49.35 -
残基数----1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72414428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2516499
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.481-2.54260.3191300.2984459497
2.5426-2.61140.30531230.27264732100
2.6114-2.68820.32091430.25364721100
2.6882-2.7750.26181450.24664733100
2.775-2.87410.28531280.23934748100
2.8741-2.98920.26431460.22734754100
2.9892-3.12520.23621350.21014768100
3.1252-3.290.26131300.20484764100
3.29-3.4960.23851480.2054756100
3.496-3.76590.21491370.18334805100
3.7659-4.14470.20071370.1664819100
4.1447-4.7440.17721430.14774837100
4.744-5.97530.22561420.1754896100
5.9753-49.150.19121480.17345113100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2418-0.764-0.09452.8558-0.0482.41940.08350.08820.0151-0.2207-0.1165-0.55260.1980.61420.00360.46660.12080.0990.68530.10610.60255.865953.3505-73.5056
21.51540.61770.5631.64710.2851.0424-0.00370.05940.22420.0686-0.00940.2209-0.08220.01090.0140.36440.013-0.00970.33410.01960.3736-12.248351.1584-38.1199
32.1257-0.710.44582.3162-0.6641.67970.1144-0.5422-0.3721.2213-0.12790.361-0.1279-0.21470.00371.8694-0.24780.12041.46610.10361.0101-13.082933.91119.7724
42.00510.51220.28551.76620.30251.26070.1403-0.1198-0.34860.3908-0.054-0.25540.160.218-0.07990.48630.0238-0.1150.43440.0580.46362.764829.4851-25.8389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 314 )A2 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 315 through 681 )A315 - 681
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 314)B2 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 315 through 681 )B315 - 681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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