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- PDB-6sqd: Crystal structure of M. tuberculosis InhA in complex with NAD+ an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqd
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis InhA in complex with NAD+ and 2-pyrazol-1-ylbenzoic acid
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / InhA / NADH-dependent enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-pyrazol-1-ylbenzoic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Mendes, V. / Sabbah, M. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework Programme260872 英国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1158806 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Fragment-Based Design ofMycobacterium tuberculosisInhA Inhibitors.
著者: Sabbah, M. / Mendes, V. / Vistal, R.G. / Dias, D.M.G. / Zahorszka, M. / Mikusova, K. / Kordulakova, J. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4933
ポリマ－28,6421
非ポリマー8522
水3,063170
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,97412
ポリマ－114,5674
非ポリマー3,4068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area19060 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.605, 97.605, 139.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

21A-467-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28641.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-LT8 / 2-pyrazol-1-ylbenzoic acid


分子量: 188.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 0.1 M sodium acetate 25-30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.719→84.53 Å / Num. obs: 42463 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.72-1.8117.70.75810793761100.9620.1840.7813
5.43-84.5316.80.0432605215470.9990.0110.04458.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.12 Å84.53 Å
Translation6.12 Å84.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B35

2b35


解像度: 1.72→84.528 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1804 2202 5.19 %
Rwork0.1599 --
obs0.1609 42389 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.42 Å2 / Biso mean: 39.205 Å2 / Biso min: 22.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→84.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 58 170 2212
Biso mean--47.4 48.24 -
残基数----267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.72-1.75590.19881310.20152460
1.7559-1.79670.2311370.18912459
1.7967-1.84170.20761270.17332487
1.8417-1.89150.19561310.17442452
1.8915-1.94710.17691540.16892440
1.9471-2.010.19251490.16412462
2.01-2.08180.19061340.15792494
2.0818-2.16520.1721170.16062485
2.1652-2.26370.16981330.15852504
2.2637-2.38310.20811430.16482486
2.3831-2.53240.18671400.1682497
2.5324-2.72790.18531490.16542506
2.7279-3.00250.18371300.16392540
3.0025-3.43690.20911170.16222567
3.4369-4.33020.14481540.14382577
4.3302-84.5280.18181560.15972771
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.43530.2141-0.79791.3008-0.06281.3617-0.0219-0.15330.19560.11260.0205-0.2304-0.32060.50630.0130.4338-0.1912-0.05020.33080.03050.356640.5368-16.517228.9824
23.05790.72430.65010.7030.13880.21730.0349-0.24830.31620.3239-0.19910.009-0.50070.1249-0.05120.6593-0.1665-0.04840.35230.00940.379936.1003-7.829431.6908
31.81211.05230.00411.1287-0.4830.5293-0.17860.13560.5155-0.1770.098-0.0659-0.58560.13730.01520.6642-0.1213-0.05940.27930.02260.399731.2014-6.62921.4516
41.56810.3253-0.1590.94840.07951.32250.0217-0.02410.16630.0251-0.06470.0335-0.3720.0281-0.02480.2902-0.0244-0.03860.190.00360.250223.0471-22.685924.7952
50.6131-0.12630.27560.73180.26971.1010.0286-0.13450.06310.1709-0.09090.0246-0.14260.0870.03820.2916-0.0919-0.01030.3086-0.00790.31232.1762-30.136434.5097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 31 )A3 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 53 )A32 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 82 )A54 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 182 )A83 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 269 )A183 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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