PDB-6spp: Structure of the Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase varia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6spp

タイトル

Structure of the Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase variant VI298

要素

Methionine--tRNA ligase

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / tRNA aminoacylation

機能・相同性

機能・相同性情報

メチオニンtRNAリガーゼ /

methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex /

tRNA binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding /

ATP binding /

生体膜 /

metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Nigro, G. / Schmitt, E. / Mechulam, Y.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Use of beta3-methionine as an amino acid substrate of Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase.
著者: Nigro, G. / Bourcier, S. / Lazennec-Schurdevin, C. / Schmitt, E. / Marliere, P. / Mechulam, Y.

履歴

登録	2019年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6spp.cif.gz	434 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6spp.ent.gz	295 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6spp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6spnC 6spoC 6spqC 6sprC 1qqtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f4l-d 1pfw-d 6wqi-2 3pzr-1 1pfy-d 6spq-d 3fg1-2 6spo-d 6spn-d 3h9b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Methionine--tRNA ligase

ヘテロ分子

65.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.510, 45.530, 86.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS 分子量: 64744.031 Da / 分子数: 1 / 変異: Truncated after residue 547; His-tagged ; VI298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: metG, BvCmsKSP058_01266, BvCmsNSP007_01600, ED648_21370, UN91_27160 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F3U9S7, UniProt: P00959*PLUS, メチオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 1.08 M ammonium citrate, 10 mM potassium phosphate, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日
放射	モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→38.91 Å / Num. obs: 93868 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.44 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.49→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 14735 / CC_1/2: 0.613 / R_sym value: 0.964 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QQT

1qqt

解像度: 1.49→38.9 Å / SU ML: 0.1808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.2613
詳細: Refinement was performed using explicit riding hydrogen atoms generated in phenix.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	4727	5.04 %
R_work	0.1338	-	-
obs	0.136	93868	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4376	0	33	683	5092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	4855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9766	6617
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0739	684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.2068	1816

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.3407	140	0.2821	2699	X-RAY DIFFRACTION	89.33
1.51-1.53	0.3206	135	0.254	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.53-1.55	0.3122	157	0.2378	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.55-1.57	0.2613	165	0.2128	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.57-1.59	0.2725	157	0.2089	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.59-1.61	0.2806	160	0.201	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.61-1.63	0.2736	151	0.1864	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.63-1.66	0.2473	160	0.1741	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.66-1.68	0.2253	175	0.1725	2985	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.68-1.71	0.2404	131	0.1695	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.71-1.74	0.235	158	0.1717	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.74-1.77	0.225	157	0.15	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.77-1.81	0.2132	158	0.142	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.81-1.84	0.2291	165	0.1401	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.84-1.88	0.191	147	0.1285	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.88-1.93	0.1736	159	0.1269	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.93-1.98	0.1682	152	0.1202	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.98-2.03	0.1509	146	0.1192	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.03-2.09	0.188	159	0.1182	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.09-2.16	0.1701	148	0.1197	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.16-2.23	0.1677	164	0.1184	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.23-2.32	0.1704	151	0.1181	2995	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.32-2.43	0.1599	153	0.1178	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.43-2.56	0.1767	184	0.1192	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.56-2.72	0.1803	170	0.1217	3002	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.72-2.93	0.1696	175	0.1251	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.93-3.22	0.1642	163	0.1235	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.22-3.69	0.1358	154	0.1155	3017	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.69-4.64	0.1274	173	0.111	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.64-38.9	0.1861	160	0.1672	3106	X-RAY DIFFRACTION	98.7

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)