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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6slj | ||||||
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タイトル | Structure of the RagAB peptide transporter | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / outer membrane protein / Bacteroidetes / TonB dependent transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) Porphyromonas gingivalis W83 (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å | ||||||
データ登録者 | Madej, M. / Ranson, N.A. / White, J.B.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis. 著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / ...著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / Neil A Ranson / Jan Potempa / Bert van den Berg / 要旨: Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory ...Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory diseases. P. gingivalis utilizes protease-generated peptides derived from extracellular proteins for growth, but how these peptides enter the cell is not clear. Here, we identify RagAB as the outer-membrane importer for these peptides. X-ray crystal structures show that the transporter forms a dimeric RagAB complex, with the RagB substrate-binding surface-anchored lipoprotein forming a closed lid on the RagA TonB-dependent transporter. Cryo-electron microscopy structures reveal the opening of the RagB lid and thus provide direct evidence for a 'pedal bin' mechanism of nutrient uptake. Together with mutagenesis, peptide-binding studies and RagAB peptidomics, our work identifies RagAB as a dynamic, selective outer-membrane oligopeptide-acquisition machine that is essential for the efficient utilization of proteinaceous nutrients by P. gingivalis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6slj.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6slj.ent.gz | 903.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6slj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6slj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6slj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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