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- PDB-6sl7: The Delta Calcium mutant of ALPHA-ACTININ FROM ENTAMOEBA HISTOLYTICA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sl7
タイトルThe Delta Calcium mutant of ALPHA-ACTININ FROM ENTAMOEBA HISTOLYTICA
要素Calponin homology domain protein putative
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Actinin / Actin Binding Domain / Spectrin Repear / Calmodulin-like domain / Calcium Regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


actin binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ca2+ insensitive EF hand / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand, calcium binding motif ...Ca2+ insensitive EF hand / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calponin homology domain protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Lopez Arolas, A. / Djinovic-Carugo, K.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN238423
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Calcium modulates the domain flexibility and function of an alpha-actinin similar to the ancestral alpha-actinin.
著者: Pinotsis, N. / Zielinska, K. / Babuta, M. / Arolas, J.L. / Kostan, J. / Khan, M.B. / Schreiner, C. / Salmazo, A. / Ciccarelli, L. / Puchinger, M. / Gkougkoulia, E.A. / Ribeiro Jr., E.A. / ...著者: Pinotsis, N. / Zielinska, K. / Babuta, M. / Arolas, J.L. / Kostan, J. / Khan, M.B. / Schreiner, C. / Salmazo, A. / Ciccarelli, L. / Puchinger, M. / Gkougkoulia, E.A. / Ribeiro Jr., E.A. / Marlovits, T.C. / Bhattacharya, A. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2019年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calponin homology domain protein putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8541
ポリマ－69,8541
非ポリマー00
水0
1
A: Calponin homology domain protein putative

A: Calponin homology domain protein putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,7072
ポリマ－139,7072
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
Buried area7570 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area64720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.739, 75.526, 234.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Calponin homology domain protein putative / / Calponin homology domain protein / putative


分子量: 69853.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: CL6EHI_199000, EHI_199000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LWU6
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M bis-tris (pH 5.5), 0.3 M MgCl2, 20% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→46.85 Å / Num. obs: 11494 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique obs: 2235 / CC1/2: 0.855 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SL2

6sl2


解像度: 3.3→46.32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3081 537 4.7 %
Rwork0.23358 --
obs0.23711 10923 99.04 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4799 0 0 0 4799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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