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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6siy | ||||||
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タイトル | PaaK family AMP-ligase with AMP and substrate | ||||||
要素 | AMP-dependent synthetase and ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / PaaK like ligase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Naismith, J.H. / Song, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020 タイトル: The Biosynthesis of the Benzoxazole in Nataxazole Proceeds via an Unstable Ester and has Synthetic Utility. 著者: Song, H. / Rao, C. / Deng, Z. / Yu, Y. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6siy.cif.gz | 365.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6siy.ent.gz | 298.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6siy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6siy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6siy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 4 - 435 / Label seq-ID: 4 - 435
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48289.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア) 遺伝子: natL2, CF54_07380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A022MRT4 |
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-非ポリマー , 7種, 187分子
#2: 化合物 | ChemComp-3HA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M KSCN, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 30% PEG MME 2K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→69.29 Å / Num. obs: 70886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3771 / CC1/2: 0.51 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6SIW 解像度: 1.95→69.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 12.155 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.148 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.52 Å2 / Biso mean: 59.112 Å2 / Biso min: 31.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→69.29 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 13238 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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