PDB-6s7q: Crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s7q

タイトル

Crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase from Treponema denticola in complex with desmethyl-ergothioneine sulfonic acid

要素

ergothionase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / ergothioneine degrading enzyme / TdETL / trimethlyammonium lyase /

ergothioneine (エルゴチオネイン)

機能・相同性

ammonia-lyase activity / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/histidase, N-terminal /

L-Aspartase-like / Chem-KZ5 /

Histidine ammonia-lyase

機能・相同性情報

生物種

Treponema denticola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Leisinger, F. / Seebeck, F.P.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Mechanism of Ergothionase from Treponema denticola.
著者: Maurer, A. / Leisinger, F. / Lim, D. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2019年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s7q.cif.gz	752 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s7q.ent.gz	624.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s7jC 1gkmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s7j-2 3czo-3 1b8f-1 6s7j-1 2o7d-2 2o7d-1 3kdz-2 3czo-2 1gkj-1 2o78-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ergothionase

B: ergothionase

C: ergothionase

D: ergothionase

E: ergothionase

F: ergothionase

G: ergothionase

H: ergothionase

ヘテロ分子

448 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ergothionase

B: ergothionase

C: ergothionase

D: ergothionase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: ergothionase

H: ergothionase

ヘテロ分子

F: ergothionase

G: ergothionase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.758, 76.937, 174.842
Angle α, β, γ (deg.)	88.560, 81.410, 79.790
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 498 / Label seq-ID: 1 - 497

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D
5	chain E	E	E
6	chain F	F	F
7	chain G	G	G
8	chain H	H	H

#1: タンパク質	ergothionase 分子量: 55696.668 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア) 遺伝子: HMPREF9733_00339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M2BPW8
#2: 化合物	ChemComp-KZ5 / (2~{S})-2-(dimethylamino)-3-(2-sulfo-1~{H}-imidazol-4-yl)propanoic acid 分子量: 263.271 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, PEG200, CaCl2, Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.979399 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979399 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→49.05 Å / Num. obs: 105530 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.93 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 365688 / Scaling rejects: 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.7-2.75	3.5	0.379	18530	5321	0.876	0.236	0.448	2.3	98.2
14.79-49.05	3.3	0.048	2093	625	0.98	0.033	0.059	13.6	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gkm

1gkm

解像度: 2.7→49.05 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2605	5182	4.91 %
R_work	0.2257	-	-
obs	0.2274	105499	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.78 Å² / B_iso mean: 25.367 Å² / B_iso min: 6.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→49.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31216	0	240	199	31655
B_iso mean	-	-	29.85	18.48	-
残基数	-	-	-	-	3976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	31907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.553	43064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	4840
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.154	19480

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	2	B	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	3	C	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	4	D	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	5	E	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	6	F	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	7	G	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL
1	8	H	19635	X-RAY DIFFRACTION	10.541	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7-2.7307	0.3548	155	0.28	3400	98
2.7307-2.7628	0.2895	156	0.2791	3280	98
2.7628-2.7965	0.3339	164	0.2781	3327	98
2.7965-2.8319	0.3553	163	0.2709	3378	98
2.8319-2.8691	0.3023	163	0.2696	3356	98
2.8691-2.9084	0.3298	185	0.2735	3279	98
2.9084-2.95	0.3254	173	0.2664	3406	99
2.95-2.994	0.3329	192	0.2667	3231	98
2.994-3.0408	0.3056	209	0.2773	3282	98
3.0408-3.0906	0.3347	185	0.2744	3372	99
3.0906-3.1439	0.2724	171	0.2615	3290	98
3.1439-3.2011	0.3121	189	0.2638	3407	99
3.2011-3.2626	0.3103	186	0.2634	3271	99
3.2626-3.3292	0.2943	159	0.2532	3398	99
3.3292-3.4016	0.3009	166	0.2522	3296	98
3.4016-3.4807	0.2987	185	0.2375	3370	99
3.4807-3.5677	0.266	185	0.2323	3296	99
3.5677-3.6642	0.2494	190	0.2118	3382	99
3.6642-3.7719	0.2302	161	0.206	3318	99
3.7719-3.8936	0.237	176	0.205	3337	99
3.8936-4.0327	0.23	187	0.2072	3371	99
4.0327-4.1941	0.2181	167	0.189	3346	99
4.1941-4.3849	0.211	163	0.1808	3335	99
4.3849-4.6159	0.2251	149	0.1856	3378	99
4.6159-4.9049	0.208	172	0.185	3363	99
4.9049-5.2832	0.205	178	0.1919	3324	99
5.2832-5.8141	0.2127	180	0.208	3388	99
5.8141-6.6536	0.2422	162	0.2227	3364	99
6.6536-8.3761	0.2149	178	0.1921	3399	99
8.3761-49	0.1869	133	0.1878	3373	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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