PDB-6s0w: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s0w

タイトル

The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus in complex with nickel and kanamycin B sulfate

要素

Kanamycin B dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ /

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / kanamycin B

機能・相同性

kanamycin B dioxygenase / kanamycin biosynthetic process /

フィタノイルCoAジオキシゲナーゼ / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Chem-9CS / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kanamycin B dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Mrugala, B. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Borowski, T.

資金援助

ポーランド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates.
著者: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T.

履歴

登録	2019年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s0w.cif.gz	689.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s0w.ent.gz	575.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s0rC 6s0sC 6s0tSC 6s0uC 6s0vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s0u-3 6s0s-4 6s0u-5 6s0u-4 2znk-d 6sey-d 6s0u-1 6s0u-2 5trw-d 1mu8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kanamycin B dioxygenase

B: Kanamycin B dioxygenase

C: Kanamycin B dioxygenase

D: Kanamycin B dioxygenase

E: Kanamycin B dioxygenase

F: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

196 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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32.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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4

D: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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5

E: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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32.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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根拠: gel filtration, Monomer
32.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.444, 186.061, 110.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	3 - 276	6 - 279
2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	3 - 276	6 - 279
1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	3 - 276	6 - 279
2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	3 - 276	6 - 279
1	3	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	3 - 276	6 - 279
2	3	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	3 - 276	6 - 279
1	4	LEU	LEU	HIS	HIS	A	A	3 - 275	6 - 278
2	4	LEU	LEU	HIS	HIS	E	E	3 - 275	6 - 278
1	5	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	3 - 276	6 - 279
2	5	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	3 - 276	6 - 279
1	6	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	2 - 276	5 - 279
2	6	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	2 - 276	5 - 279
1	7	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	2 - 276	5 - 279
2	7	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	2 - 276	5 - 279
1	8	LEU	LEU	HIS	HIS	B	B	3 - 275	6 - 278
2	8	LEU	LEU	HIS	HIS	E	E	3 - 275	6 - 278
1	9	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	2 - 282	5 - 285
2	9	ALA	ALA	PHE	PHE	F	F	2 - 282	5 - 285
1	10	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 276	4 - 279
2	10	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 276	4 - 279
1	11	LEU	LEU	HIS	HIS	C	C	3 - 275	6 - 278
2	11	LEU	LEU	HIS	HIS	E	E	3 - 275	6 - 278
1	12	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 276	4 - 279
2	12	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 276	4 - 279
1	13	LEU	LEU	HIS	HIS	D	D	3 - 275	6 - 278
2	13	LEU	LEU	HIS	HIS	E	E	3 - 275	6 - 278
1	14	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 276	4 - 279
2	14	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 276	4 - 279
1	15	LEU	LEU	HIS	HIS	E	E	3 - 275	6 - 278
2	15	LEU	LEU	HIS	HIS	F	F	3 - 275	6 - 278

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
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9
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12
13
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15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Kanamycin B dioxygenase / Kanamycin biosynthesis protein J 分子量: 31841.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌) 遺伝子: kanJ, kacB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): MAGIC / 参照: UniProt: Q6L732, kanamycin B dioxygenase

#1: タンパク質

Kanamycin B dioxygenase / Kanamycin biosynthesis protein J

分子量: 31841.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌)
遺伝子: kanJ, kacB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): MAGIC / 参照: UniProt: Q6L732, kanamycin B dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 1039分子

#2: 化合物	ChemComp-9CS / (1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-3-[(3-AMINO-3-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY]-2-HYDROXYCYCLOHEXYL 2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / Kanamycin B / Bekanamycin / カナマイシンB / ベカナマイシン分子量: 483.514 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₇N₅O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.07 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 of 28% PEG4000 (w/v), 0.5 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium acetate and 15mg/ml protein in 0.05 M bis-tris methane, 0.15 M NaCl; soaked with 0.05 M kanamycin B

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月17日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirro
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→44.22 Å / Num. obs: 75259 / % possible obs: 95.11 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.734 / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 1.21 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 3923 / Χ²: 0.727

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 6S0T

6s0t

解像度: 2.36→44.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 14.081 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22465	3946	5 %	RANDOM
R_work	0.18538	-	-	-
obs	0.18735	75259	95.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.36→44.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13019	0	306	1007	14332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	13775
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	12482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.649	18939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.571	29015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.425	5	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.679	21.589	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.012	15	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.668	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	15121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.473	3.76	6688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.473	3.759	6687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.55	5.627	8353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.55	5.628	8354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.522	4.041	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.522	4.041	7088
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.455	5.998	10587
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.651	71.941	56863
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.587	71.621	56216
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8733	0.09
1	2	B	8733	0.09
2	1	A	8759	0.09
2	2	C	8759	0.09
3	1	A	8867	0.08
3	2	D	8867	0.08
4	1	A	8768	0.07
4	2	E	8768	0.07
5	1	A	8826	0.07
5	2	F	8826	0.07
6	1	B	8707	0.08
6	2	C	8707	0.08
7	1	B	8725	0.09
7	2	D	8725	0.09
8	1	B	8662	0.08
8	2	E	8662	0.08
9	1	B	8787	0.09
9	2	F	8787	0.09
10	1	C	8763	0.08
10	2	D	8763	0.08
11	1	C	8732	0.08
11	2	E	8732	0.08
12	1	C	8810	0.08
12	2	F	8810	0.08
13	1	D	8728	0.08
13	2	E	8728	0.08
14	1	D	8833	0.07
14	2	F	8833	0.07
15	1	E	8770	0.06
15	2	F	8770	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.36→2.417 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	180	-
R_work	0.269	3752	-
obs	-	-	63.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8187	0.6638	-0.1899	3.3029	0.4525	2.7022	0.08	-0.1552	0.2718	-0.5156	-0.2945	0.2903	-0.3093	-0.3681	0.2145	0.1644	0.1316	-0.0305	0.2574	-0.0713	0.0749	39.852	45.334	68.237
2	1.1699	0.2449	0.0989	2.0048	-0.241	1.1198	0.0789	-0.0255	-0.051	0.2725	0.0382	0.0876	-0.2021	-0.059	-0.1171	0.146	-0.015	0.0858	0.1272	0.0036	0.0758	34.555	23.504	140.786
3	1.1204	0.1999	-0.0814	3.1491	0.0175	3.7427	0.0286	-0.0158	0.0389	0.8821	-0.1569	-0.2492	0.1636	0.2253	0.1283	0.4413	0.0107	-0.0853	0.0811	0.0024	0.0328	24.669	66.835	131.234
4	1.5245	-0.0842	0.3035	1.1709	-0.3659	3.1994	-0.0172	0.2176	-0.1032	0.1622	-0.0462	-0.0811	0.0102	-0.0223	0.0634	0.1465	-0.0257	0.0799	0.1671	-0.0356	0.0806	2.05	40.681	105.123
5	1.1943	-0.0811	-0.9763	1.9084	-0.1436	4.4677	0.031	-0.1488	0.0099	0.5346	0.0593	-0.2464	-0.5311	0.3963	-0.0904	0.4834	-0.1124	-0.1835	0.0694	0.0247	0.0942	14.775	6.313	66.819
6	2.7781	-1.3248	1.428	3.3539	-2.0219	3.8951	0.4832	0.1919	-0.491	-0.4623	-0.0042	0.458	0.7179	0.0983	-0.479	0.1819	0.0244	-0.0824	0.0225	-0.0528	0.2153	10.379	82.757	93.131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 277
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 277
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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