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万見
- PDB-6rmb: Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rmb
タイトルCrystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp2 and ADP
要素
  • Putative mRNA splicing factor
  • Putative pre-mRNA splicing protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Prp2 / DEAH-box ATPase / G-patch / spliceosome (スプライセオソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / hydrolase activity / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Spp2/MOS2, G-patch domain / G-patch domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold ...Spp2/MOS2, G-patch domain / G-patch domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ヘリカーゼ / Putative pre-mRNA splicing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the intrinsically disordered splicing factor Spp2 and its binding to the DEAH-box ATPase Prp2.
著者: Hamann, F. / Schmitt, A. / Favretto, F. / Hofele, R. / Neumann, P. / Xiang, S. / Urlaub, H. / Zweckstetter, M. / Ficner, R.
履歴
登録2019年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mRNA splicing factor
D: Putative pre-mRNA splicing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5224
ポリマ－76,0702
非ポリマー4522
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.360, 72.640, 70.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative mRNA splicing factor


分子量: 70835.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0063660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEG4
#2: タンパク質・ペプチド Putative pre-mRNA splicing protein


分子量: 5234.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0071470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFN3
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES/NaOH pH 7, 8% (w/v) polyvinyl alcohol, 7.5% (v/v) isopropyl alcohol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→70.154 Å / Num. obs: 23946 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.159 % / Biso Wilson estimate: 55.348 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 12.16 / Num. measured all: 75644 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.63.0720.6611.928192270326670.7930.79898.7
2.6-2.73.1110.5082.576971227422410.8640.61498.5
2.7-33.2160.3284.1116462519051180.930.39498.6
3-3.53.1880.1568.5716422519251520.9820.18899.2
3.5-43.1430.0716.439076291628880.9940.08599
4-53.1010.03924.28903291628710.9970.04898.5
5-63.250.03825.954141129512740.9980.04698.4
6-83.2340.03131.333257103410070.9980.03797.4
8-103.1870.0245.4211443783590.9990.02495
10-143.0290.01849.337212502380.9990.02195.2
14-172.9140.02247.06169665810.02787.9
17-502.5690.02438.1518581720.9980.03188.9
50-70.154115120

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→70.154 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1197 5 %
Rwork0.2081 --
obs0.2107 23930 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.68 Å2 / Biso mean: 61.5954 Å2 / Biso min: 26.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→70.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4990 0 28 4 5022
Biso mean--63.02 47.8 -
残基数----656
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.60010.38051330.32432529266299
2.6001-2.71840.34521310.30262490262199
2.7184-2.86170.36311310.28392502263399
2.8617-3.0410.29261340.24992529266399
3.041-3.27580.31171330.24132525265899
3.2758-3.60550.27971330.22332535266899
3.6055-4.12710.23661340.18312546268099
4.1271-5.19950.21811340.16422535266998
5.1995-70.18170.20221340.17562542267696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33210.12370.06081.44490.23871.6601-0.09190.03860.0639-0.1636-0.00690.5801-0.1712-0.19390.06590.3160.0083-0.08280.35720.06010.72867.862924.775428.9066
20.60410.08060.0571.51570.26861.367-0.12090.1459-0.1319-0.3140.04030.55560.0775-0.30330.0670.452-0.0681-0.19410.478-0.02330.68738.20794.087611.4692
30.8904-0.2922-0.42661.80830.04081.2933-0.07540.06440.1212-0.27350.0723-0.0503-0.00360.03940.01960.3114-0.046-0.01980.31570.02430.3936.5119.677917.7929
46.00170.5434-2.8331.1621-0.60316.5056-0.5257-0.273-0.7260.23470.1138-0.04480.03190.82810.42930.49840.0568-0.05910.4677-0.02180.530836.85413.875844.5697
51.135-0.6293-1.45970.40070.83041.8868-0.01950.3697-0.05950.34040.08530.28670.5998-0.7545-0.26170.72470.10160.07630.47460.12350.409524.9178-0.946744.8509
62.3349-0.6951-3.10170.68081.37714.6086-0.5696-0.0754-0.0952-0.00840.41960.39820.1078-0.29010.27530.6447-0.00970.00530.4998-0.00120.673917.9185-9.150515.2119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 288 through 475 )A288 - 475
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 476 through 652 )A476 - 652
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 653 through 919 )A653 - 919
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 208 through 222 )D208 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 223 through 233 )D223 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 236 through 247 )D236 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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