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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rc5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complexe with an adenine derivative | ||||||
要素 | NAD kinase 1NAD+キナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / tetrameric NAD kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+キナーゼ / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes serovar 1/2a (リステリア・モノサイトゲネス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.038 Å | ||||||
データ登録者 | Gelin, M. / Labesse, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020 タイトル: From Substrate to Fragments to Inhibitor ActiveIn VivoagainstStaphylococcus aureus. 著者: Gelin, M. / Paoletti, J. / Nahori, M.A. / Huteau, V. / Leseigneur, C. / Jouvion, G. / Dugue, L. / Clement, D. / Pons, J.L. / Assairi, L. / Pochet, S. / Labesse, G. / Dussurget, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rc5.cif.gz | 120 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rc5.ent.gz | 92.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6rboC 6rbpC 6rbqC 6rbrC 6rbsC 6rbtC 6rbuC 6rbvC 6rbwC 6rbxC 6rbyC 6rbzC 6rc0C 6rc1C 6rc2C 6rc3C 6rc4C 6rc6C 6rg6C 6rg7C 6rg8C 6rg9C 6rgaC 6rgbC 6rgcC 6rgdC 6rr2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (リステリア・モノサイトゲネス) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+キナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-JYB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.972422 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.638→48.327 Å / Num. obs: 20168 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 106229 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.038→48.327 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.24 Å2 / Biso mean: 58.362 Å2 / Biso min: 30.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.038→48.327 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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