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- PDB-6rbf: Mucin 2 D3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rbf
タイトルMucin 2 D3 domain
要素Mucin-2ムチン
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / Mucin 2 / extracellular / glycoprotein (糖タンパク質) / D3 domain / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion ...inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion / detoxification of copper ion / cupric ion binding / Dectin-2 family / cuprous ion binding / 細胞外マトリックス / Golgi lumen / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Javitt, G. / Fass, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Intestinal Gel-Forming Mucins Polymerize by Disulfide-Mediated Dimerization of D3 Domains.
著者: Javitt, G. / Calvo, M.L.G. / Albert, L. / Reznik, N. / Ilani, T. / Diskin, R. / Fass, D.
履歴
登録2019年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucin-2
B: Mucin-2
C: Mucin-2
D: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,27420
ポリマ－183,5974
非ポリマー1,67716
水2,828157
1
A: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2534
ポリマ－45,8991
非ポリマー3533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8549
ポリマ－45,8991
非ポリマー9558
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0353
ポリマ－45,8991
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1324
ポリマ－45,8991
非ポリマー2323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.461, 156.925, 93.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質
Mucin-2 / ムチン / MUC-2 / Intestinal mucin-2


分子量: 45899.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC2, SMUC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02817
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 170分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 105 mM lithium sulfate, 100 mM citrate/phosphate buffer, pH 4.2, 10% glycerol, and 14% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.704→48.35 Å / Num. obs: 62040 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 49.49 Å2 / Rpim(I) all: 0.08746 / Net I/σ(I): 9.92
反射 シェル解像度: 2.704→2.801 Å / 冗長度: 13.4 % / Num. unique obs: 6087 / Rpim(I) all: 0.6062 / % possible all: 98.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N29

6n29


解像度: 2.704→48.35 Å / SU ML: 0.4513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2833 5915 5 %
Rwork0.2166 --
obs0.2199 62027 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10737 0 94 157 10988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014311199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.322715315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06451665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00911971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2426719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.45161830.38853604X-RAY DIFFRACTION95.49
2.73-2.770.41131850.34123774X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.80.35352050.32233780X-RAY DIFFRACTION99.97
2.8-2.840.3671820.31143724X-RAY DIFFRACTION99.95
2.84-2.870.41941760.31383811X-RAY DIFFRACTION99.97
2.87-2.910.30422220.29373727X-RAY DIFFRACTION99.95
2.91-2.950.32081620.27223747X-RAY DIFFRACTION99.97
2.95-30.27561830.25993770X-RAY DIFFRACTION100
3-3.040.32252270.26073723X-RAY DIFFRACTION99.92
3.04-3.090.32792450.25983761X-RAY DIFFRACTION99.98
3.09-3.150.33572520.25873669X-RAY DIFFRACTION99.97
3.15-3.210.34042190.25023735X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.270.28531760.24683791X-RAY DIFFRACTION99.97
3.27-3.330.32551740.24573760X-RAY DIFFRACTION99.97
3.33-3.410.32332220.24413713X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.490.31641890.22693773X-RAY DIFFRACTION99.92
3.49-3.570.26251660.21413784X-RAY DIFFRACTION99.97
3.57-3.670.35441720.22323782X-RAY DIFFRACTION99.75
3.67-3.780.27432240.20913694X-RAY DIFFRACTION99.44
3.78-3.90.25862220.19193775X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.040.242030.18123736X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.20.23651610.17223769X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.390.23451760.16343779X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.620.21691990.14773757X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.910.18682190.14373735X-RAY DIFFRACTION99.97
4.91-5.290.22091780.15533780X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.820.23111590.17713813X-RAY DIFFRACTION100
5.82-6.660.26212030.19893744X-RAY DIFFRACTION100
6.66-8.390.26942160.21383726X-RAY DIFFRACTION100
8.39-49.490.3362150.25763736X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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