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- PDB-6raa: CLK1 Kinase domain with bound imidazopyridin inhibitor TP003 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6raa
タイトルCLK1 Kinase domain with bound imidazopyridin inhibitor TP003
要素Dual specificity protein kinase CLK1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor / Kinase (キナーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JWN / Dual specificity protein kinase CLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schroeder, M. / Arrowsmith, C. / Knapp, S. / Bountra, C. / Edwards, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CLK1 Kinase domain with bound imidazopyridin inhibitor TP003
著者: Schroeder, M. / Arrowsmith, C. / Knapp, S. / Bountra, C. / Edwards, A.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1263
ポリマ－39,5821
非ポリマー5452
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.010, 64.102, 72.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39581.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-JWN / 4-[2-methyl-1-(4-methylpiperazin-1-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-~{N}-(6-pyridin-4-ylimidazo[1,2-a]pyridin-2-yl)benzamide


分子量: 482.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N6O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Bicine, 14% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.58 Å / Num. obs: 21487 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 101234 / Scaling rejects: 299
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.164.80.646853317780.8050.3170.7231.899.9
8.91-46.584.60.10814043030.9830.0560.12213.699.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.81 Å46.58 Å
Translation5.81 Å46.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1z57

1z57


解像度: 2.1→46.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 12.032 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.2498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.192
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1089 5.1 %RANDOM
Rwork0.1876 ---
obs0.1899 20396 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.53 Å2 / Biso mean: 33.973 Å2 / Biso min: 18.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.16 Å2
2---1.14 Å2-0 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2738 0 40 187 2965
Biso mean--30.62 36.72 -
残基数----335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.643943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.5946177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5425346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38521.925161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76515509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1791519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02642
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 94 -
Rwork0.242 1503 -
all-1597 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9351-0.5188-0.92281.92060.69331.51050.06490.10270.1473-0.1012-0.09710.1116-0.226-0.0560.03220.07730.0022-0.0840.00840.00730.152510.22039.971120.8718
21.9520.67610.61481.44280.3785.1742-0.22210.30230.1002-0.37660.0838-0.111-0.33090.31960.13820.16460.0006-0.04160.0910.00420.220426.00631.93172.6542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A147 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2A339 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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