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万見
- PDB-6r1j: Structure of the soluble AhlC triple head mutant of the tripartit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1j
タイトルStructure of the soluble AhlC triple head mutant of the tripartite alpha-pore forming toxin, AHL, from Aeromonas hydrophila.
要素Uncharacterized protein
キーワードTOXIN (毒素) / Tripartite pore-forming toxin
機能・相同性生体膜 / : / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Aeromonas hydrophila J-1 (エロモナス・ハイドロフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Churchill-Angus, A.M. / Wilson, J.S. / Baker, P.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Identification and structural analysis of the tripartite alpha-pore forming toxin of Aeromonas hydrophila.
著者: Wilson, J.S. / Churchill-Angus, A.M. / Davies, S.P. / Sedelnikova, S.E. / Tzokov, S.B. / Rafferty, J.B. / Bullough, P.A. / Bisson, C. / Baker, P.J.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3534
ポリマ－58,3072
非ポリマー462
水3,855214
1
J: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

J: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7078
ポリマ－116,6154
非ポリマー924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area11390 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area45280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.538, 88.538, 290.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 29153.662 Da / 分子数: 2 / 変異: L156T, L160T, L161T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila J-1 (エロモナス・ハイドロフィラ)
遺伝子: V469_08880 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U6XZ15, UniProt: A0KLE2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→76.86 Å / Num. obs: 52765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.9 Å / Num. unique obs: 2550

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H2E

6h2e


解像度: 1.92→76.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.539 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27796 2550 4.8 %RANDOM
Rwork0.23449 ---
obs0.23658 50089 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.37 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→76.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3881 0 2 214 4097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.6315329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4271.5628558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2835513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54425.419203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00515686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0591517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3114.8782058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.314.8752057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8197.2762563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8187.2792564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7845.3981868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7835.4011869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7767.9232765
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.40960.4834493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.42360.3644459
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 192 -
Rwork0.386 3622 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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