+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qws | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Ski2 RNA-helicase Brr2 from Chaetomium thermophilum in the apo state | ||||||
要素 | Pre-mRNA splicing helicase-like protein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Helicase Brr2 Ski2 Chaetomium thermophilum splicing RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helicase activity / 転写後修飾 / nucleic acid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Absmeier, E. / Santos, K.F. / Wahl, M.C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Molecular Mechanism Underlying Inhibition of Intrinsic ATPase Activity in a Ski2-like RNA Helicase. 著者: Absmeier, E. / Santos, K.F. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qws.cif.gz | 691.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6qws.ent.gz | 569.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qws.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qws | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 196442.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0009470 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S0B9 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG 3350, lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 33329 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 7.38 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 2454 / CC1/2: 0.37 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M59 解像度: 3.3→44.63 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.49
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.63 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -100.5067 Å / Origin y: 184.4708 Å / Origin z: -16.2077 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |