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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qv4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Ski2 RNA-helicase Brr2 from Chaetomium thermophilum bound to ATP-gamma-S | ||||||
要素 | Pre-mRNA splicing helicase-like protein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Helicase ATP-gamma-S Brr2 Ski2 Chaetomium thermophilum splicing RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helicase activity / 転写後修飾 / nucleic acid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Absmeier, E. / Santos, K.F. / Wahl, M.C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Molecular Mechanism Underlying Inhibition of Intrinsic ATPase Activity in a Ski2-like RNA Helicase. 著者: Absmeier, E. / Santos, K.F. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qv4.cif.gz | 702.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qv4.ent.gz | 573.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qv4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qv4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 196442.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0009470 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S0B9 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, Peg8000, calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.8814 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.8814 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 625210 / Num. obs: 60260 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 10.19 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.86 Å / 冗長度: 10.3 % / Num. unique all: 4413 / Num. unique obs: 45316 / CC1/2: 0.387 / Rrim(I) all: 2.516 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M59 解像度: 2.8→44.526 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 29.7
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.526 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -100.1255 Å / Origin y: 185.2778 Å / Origin z: -16.2658 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |