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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qui | ||||||||||||
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タイトル | GHK tagged GFP variant at 17Kev | ||||||||||||
要素 | Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質 | ||||||||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP | ||||||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / COPPER (II) ION / 緑色蛍光タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Huyton, T. / Gorlich, D. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: The copper(II)-binding tripeptide GHK, a valuable crystallization and phasing tag for macromolecular crystallography. 著者: Mehr, A. / Henneberg, F. / Chari, A. / Gorlich, D. / Huyton, T. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qui.cif.gz | 202.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qui.ent.gz | 164 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qui.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6qui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6qui | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26333.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Mes pH 6.5, 1.2M Ammonium sulphate, 8% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.72931 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.72931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→44.96 Å / Num. obs: 45055 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 155.6 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 32.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.98 Å / Num. unique obs: 4402 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.2295 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→44.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.701 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.01 Å2 / Biso mean: 37.317 Å2 / Biso min: 23.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.94→44.96 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7494 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.989 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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