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- PDB-6qtb: Crystal structure of Rea1-MIDAS/Ytm1-UBL complex from Chaetomium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qtb
タイトルCrystal structure of Rea1-MIDAS/Ytm1-UBL complex from Chaetomium thermophilum
要素
  • Midasin,Midasin
  • Ribosome biogenesis protein YTM1リボソーム生合成
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / integrin (インテグリン) / midas (ミダース)
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 核小体 / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / WD repeat WDR12/Ytm1 / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / WD repeat WDR12/Ytm1 / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / NLE / NLE (NUC135) domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome biogenesis protein YTM1 / Midasin
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Rea1-MIDAS bound to its ribosome assembly factor ligands resembling integrin-ligand-type complexes.
著者: Ahmed, Y.L. / Thoms, M. / Mitterer, V. / Sinning, I. / Hurt, E.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Midasin,Midasin
B: Ribosome biogenesis protein YTM1
D: Midasin,Midasin
E: Ribosome biogenesis protein YTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1439
ポリマ－85,8184
非ポリマー3255
水7,314406
1
A: Midasin,Midasin
B: Ribosome biogenesis protein YTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0254
ポリマ－42,9092
非ポリマー1162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
2
D: Midasin,Midasin
E: Ribosome biogenesis protein YTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1175
ポリマ－42,9092
非ポリマー2083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.553, 83.176, 77.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21chain E
12(chain A and (resid 4699 through 4734 or resid 4777 through 4886 or resid 4891 through 4994))
22(chain D and resid 4699 through 4994)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALSERSERchain BBB12 - 9815 - 101
211VALVALSERSERchain EED12 - 9815 - 101
112PROPROGLYGLY(chain A and (resid 4699 through 4734 or resid 4777 through 4886 or resid 4891 through 4994))AA4699 - 473411 - 46
122LYSLYSSERSER(chain A and (resid 4699 through 4734 or resid 4777 through 4886 or resid 4891 through 4994))AA4777 - 488652 - 161
132GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 4699 through 4734 or resid 4777 through 4886 or resid 4891 through 4994))AA4891 - 4994166 - 269
212PROPROGLUGLU(chain D and resid 4699 through 4994)DC4699 - 499411 - 269

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Midasin,Midasin


分子量: 31464.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0069750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: G0SHE6
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein YTM1 / リボソーム生合成


分子量: 11444.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: YTM1, CTHT_0061460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFB5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3 M NaCl and 0.1 M Tris (pH 8.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→39.62 Å / Num. obs: 73123 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル解像度: 1.84→1.9 Å / CC1/2: 0.664

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QT8 and 5EM2

6qt8

5em2


解像度: 1.89→36.58 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 23.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 7365 5.17 %
Rwork0.19 --
obs0.1912 73123 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.68 Å2 / Biso mean: 39.6132 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5368 0 20 406 5794
Biso mean--61.33 45.1 -
残基数----679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0185475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4947409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4473319
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B846X-RAY DIFFRACTION11.156TORSIONAL
12E846X-RAY DIFFRACTION11.156TORSIONAL
21A2348X-RAY DIFFRACTION11.156TORSIONAL
22D2348X-RAY DIFFRACTION11.156TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.86090.36922330.33884472470599
1.8609-1.88280.35352690.31784566483599
1.8828-1.90580.34042650.29574448471398
1.9058-1.92990.2812360.28714546478298
1.9299-1.95530.31862790.26324444472399
1.9553-1.98210.292470.25064651489899
1.9821-2.01040.2522280.23514481470999
2.0104-2.04040.24652560.22134600485699
2.0404-2.07230.24152190.21354489470898
2.0723-2.10620.24262210.20714582480399
2.1062-2.14260.23962440.20944587483199
2.1426-2.18150.22862310.20934574480599
2.1815-2.22350.23312260.21484584481099
2.2235-2.26890.22942080.19914562477099
2.2689-2.31820.22842400.19594613485399
2.3182-2.37210.21982560.19564505476199
2.3721-2.43140.24122440.1964586483099
2.4314-2.49710.24352910.19264476476799
2.4971-2.57060.2422580.19634489474798
2.5706-2.65360.20892340.19664463469797
2.6536-2.74840.23712120.19624445465796
2.7484-2.85840.2172580.20314438469697
2.8584-2.98840.21362390.19754525476497
2.9884-3.14590.21692410.18774443468497
3.1459-3.3430.20192750.17974450472598
3.343-3.60090.19842850.17084496478198
3.6009-3.9630.17062620.15564434469697
3.963-4.53570.17062330.14324419465297
4.5357-5.71180.18632240.16954417464195
5.7118-39.62470.18662510.18914374462595
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7712 Å / Origin y: 8.8868 Å / Origin z: 18.7265 Å
111213212223313233
T0.2051 Å20.0189 Å2-0.0336 Å2-0.1906 Å20.0043 Å2--0.1662 Å2
L1.2917 °20.3783 °2-0.6042 °2-0.213 °2-0.1107 °2--0.3836 °2
S0.022 Å °-0.0367 Å °0.0364 Å °-0.006 Å °-0.0346 Å °0.0269 Å °-0.0265 Å °0.0161 Å °-0.0004 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4698 - 4994
2X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD4699 - 4995
5X-RAY DIFFRACTION1allE12 - 98
6X-RAY DIFFRACTION1allF1
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 3
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 406

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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