[日本語] English
万見
- PDB-6qja: Organizational principles of the NuMA-Dynein interaction interfac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qja
タイトルOrganizational principles of the NuMA-Dynein interaction interface and implications for mitotic spindle functions
要素Nuclear mitotic apparatus protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / hook domain (鉤) / motor protein-associated (機関 (機械))
機能・相同性
機能・相同性情報


anastral spindle assembly / positive regulation of protein localization to spindle pole body / positive regulation of mitotic spindle elongation / cytoplasmic microtubule bundle / positive regulation of chromosome separation / microtubule minus-end / cortical microtubule / microtubule minus-end binding / positive regulation of chromosome segregation / Mitotic Prophase ...anastral spindle assembly / positive regulation of protein localization to spindle pole body / positive regulation of mitotic spindle elongation / cytoplasmic microtubule bundle / positive regulation of chromosome separation / microtubule minus-end / cortical microtubule / microtubule minus-end binding / positive regulation of chromosome segregation / Mitotic Prophase / microtubule bundle / lateral cell cortex / cell cortex region / mitotic spindle astral microtubule / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / mitotic spindle midzone / positive regulation of hair follicle development / astral microtubule organization / positive regulation of spindle assembly / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / positive regulation of BMP signaling pathway / spindle pole centrosome / positive regulation of keratinocyte differentiation / microtubule bundle formation / nucleus organization / dynein complex binding / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of protein localization to cell cortex / lateral plasma membrane / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of microtubule polymerization / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / phosphatidylinositol binding / tubulin binding / meiotic cell cycle / spindle microtubule / spindle / 紡錘体 / nuclear matrix / 紡錘体 / disordered domain specific binding / 染色体 / 細胞皮質 / microtubule binding / protein domain specific binding / 細胞分裂 / 中心体 / neuronal cell body / 樹状突起 / protein-containing complex binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / : / NuMA N-terminal hook domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear mitotic apparatus protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Renna, C. / Rizzelli, F. / Carminati, M. / Gaddoni, C. / Pirovano, L. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG 18629 イタリア
Other governmentRF-2013-02357254 イタリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Organizational Principles of the NuMA-Dynein Interaction Interface and Implications for Mitotic Spindle Functions.
著者: Renna, C. / Rizzelli, F. / Carminati, M. / Gaddoni, C. / Pirovano, L. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Mapelli, M.
履歴
登録2019年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月6日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _struct.title
改定 1.32020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear mitotic apparatus protein 1
B: Nuclear mitotic apparatus protein 1
C: Nuclear mitotic apparatus protein 1
D: Nuclear mitotic apparatus protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3377
ポリマ－71,2424
非ポリマー953
水9,062503
1
A: Nuclear mitotic apparatus protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8462
ポリマ－17,8101
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear mitotic apparatus protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8101
ポリマ－17,8101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nuclear mitotic apparatus protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8101
ポリマ－17,8101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nuclear mitotic apparatus protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8703
ポリマ－17,8101
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.730, 112.850, 135.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYSAA1 - 1535 - 157
21METMETLYSLYSBB1 - 1535 - 157
12THRTHRGLNGLNAA2 - 1526 - 156
22THRTHRGLNGLNCC2 - 1526 - 156
13METMETGLNGLNAA1 - 1525 - 156
23METMETGLNGLNDD1 - 1525 - 156
14THRTHRGLNGLNBB2 - 1526 - 156
24THRTHRGLNGLNCC2 - 1526 - 156
15METMETLYSLYSBB1 - 1535 - 157
25METMETLYSLYSDD1 - 1535 - 157
16THRTHRGLNGLNCC2 - 1526 - 156
26THRTHRGLNGLNDD2 - 1526 - 156

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear mitotic apparatus protein 1 / / Nuclear matrix protein-22 / NMP-22 / Nuclear mitotic apparatus protein / NuMA protein / SP-H antigen


分子量: 17810.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUMA1, NMP22, NUMA / プラスミド: pETM14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14980
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 0.2 M Magnesium Chloride, 28 % PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→67.91 Å / Num. obs: 104874 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.539

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.54→67.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 6.706 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 5242 5 %RANDOM
Rwork0.1695 ---
obs0.1717 99539 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 224.22 Å2 / Biso mean: 39.247 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.42 Å20 Å20 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→67.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4723 0 3 503 5229
Biso mean--30.99 47.48 -
残基数----602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0144826
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.6376537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1491.63410380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4395603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82623.991233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49415874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0311519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02847
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.35739267
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.5125317
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded41.46359368
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A42050.16
12B42050.16
21A41380.16
22C41380.16
31A42850.17
32D42850.17
41B40210.15
42C40210.15
51B42000.16
52D42000.16
61C40880.17
62D40880.17
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 388 -
Rwork0.347 7280 -
all-7668 -
obs--99.93 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る