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Yorodumi- PDB-6qj0: Crystal structure of the C. thermophilum condensin Smc2 ATPase he... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qj0 | ||||||
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Title | Crystal structure of the C. thermophilum condensin Smc2 ATPase head (crystal form II) | ||||||
Components | Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / condensin SMC complex ATPase chromosome condensation loop extrusion | ||||||
Function / homology | Function and homology information chromosome condensation / chromosome / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Hassler, M. / Haering, C.H. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2019 Title: Structural Basis of an Asymmetric Condensin ATPase Cycle. Authors: Hassler, M. / Shaltiel, I.A. / Kschonsak, M. / Simon, B. / Merkel, F. / Tharichen, L. / Bailey, H.J. / Macosek, J. / Bravo, S. / Metz, J. / Hennig, J. / Haering, C.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qj0.cif.gz | 177.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qj0.ent.gz | 140.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qj0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qj0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46311.609 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Gene: CTHT_0033000 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G0S5H7 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10-17 % (w/v) PEG 8,000, 0.1 M Na cacodylate pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.976 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→81.186 Å / Num. all: 39710 / Num. obs: 39710 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.3 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 3.8 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 409294 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2→66.879 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 175.1 Å2 / Biso mean: 59.6872 Å2 / Biso min: 27.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→66.879 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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