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- PDB-6qgy: Crystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgy
タイトルCrystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with nanobody B12
要素
  • NanoB12
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Beta-Barrel (Βバレル) / outer membrane / protein insertion / protein folding (フォールディング) / protein maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / ポリン (タンパク質) ...membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / ポリン (タンパク質) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.509 Å
データ登録者Hartmann, J.-B. / Kaur, H. / Jakob, R.P. / Zahn, M. / Zimmermann, I. / Seeger, M. / Maier, T. / Hiller, S.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2019
タイトル: Identification of conformation-selective nanobodies against the membrane protein insertase BamA by an integrated structural biology approach.
著者: Kaur, H. / Hartmann, J.B. / Jakob, R.P. / Zahn, M. / Zimmermann, I. / Maier, T. / Seeger, M.A. / Hiller, S.
履歴
登録2019年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: NanoB12
C: Outer membrane protein assembly factor BamA
D: NanoB12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,38414
ポリマ－119,3204
非ポリマー3,06410
水5,711317
1
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: NanoB12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1927
ポリマ－59,6602
非ポリマー1,5325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Outer membrane protein assembly factor BamA
D: NanoB12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1927
ポリマ－59,6602
非ポリマー1,5325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.709, 86.664, 125.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.26, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-207-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 46022.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, Z0188, ECs0179 / プラスミド: pET15a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A942
#2: 抗体 NanoB12


分子量: 13637.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32% PEG 400, 0.2 M ammonium phosphate, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.509→48.484 Å / Num. obs: 69491 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.51→2.57 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3901 / CC1/2: 0.621 / Rpim(I) all: 0.699 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4n75

4n75


解像度: 2.509→48.484 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 3566 5.13 %
Rwork0.2224 --
obs0.2235 69491 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.509→48.484 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7729 0 107 337 8173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59110899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7924597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5086-2.5430.38471190.3452108X-RAY DIFFRACTION78
2.543-2.57930.36261210.3292637X-RAY DIFFRACTION100
2.5793-2.61780.35521450.30562677X-RAY DIFFRACTION100
2.6178-2.65870.31971590.28492599X-RAY DIFFRACTION100
2.6587-2.70230.31181470.28872716X-RAY DIFFRACTION100
2.7023-2.74890.36681240.27792637X-RAY DIFFRACTION100
2.7489-2.79890.31011600.27152645X-RAY DIFFRACTION100
2.7989-2.85270.31431410.27612675X-RAY DIFFRACTION100
2.8527-2.9110.31171340.28092650X-RAY DIFFRACTION99
2.911-2.97420.31241550.28432659X-RAY DIFFRACTION100
2.9742-3.04340.31661570.30262606X-RAY DIFFRACTION99
3.0434-3.11950.35581450.29352677X-RAY DIFFRACTION99
3.1195-3.20380.28651440.25762688X-RAY DIFFRACTION100
3.2038-3.29810.2691270.24042624X-RAY DIFFRACTION99
3.2981-3.40450.24491390.24092659X-RAY DIFFRACTION99
3.4045-3.52620.25111330.23342651X-RAY DIFFRACTION99
3.5262-3.66730.25321460.21982550X-RAY DIFFRACTION96
3.6673-3.83410.23481610.20742639X-RAY DIFFRACTION99
3.8341-4.03620.231340.20172674X-RAY DIFFRACTION99
4.0362-4.28890.21241560.19072670X-RAY DIFFRACTION99
4.2889-4.61980.19381410.16682676X-RAY DIFFRACTION99
4.6198-5.08430.18611540.1742696X-RAY DIFFRACTION100
5.0843-5.8190.21281500.19662666X-RAY DIFFRACTION99
5.819-7.32720.21151460.21472646X-RAY DIFFRACTION97
7.3272-48.49270.25491280.23032800X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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